在处理提供劳务者受害责任纠纷时，关于是否可以只起诉医保自费部分的问题，这涉及到医疗保险与侵权赔偿的法律关系，以及医保基金的支付范围和追偿权。

首先，需要明确的是，医疗保险基金是国家为保障职工基本医疗而设立的专项基金，其支付范围受到法律的严格限制。根据《中华人民共和国社会保险法》第三十条的规定，应当由第三人负担的医疗费用不纳入基本医疗保险基金支付范围。这意味着，在提供劳务者受害责任纠纷中，如果存在明确的责任主体（如雇主或其他第三方），那么相应的医疗费用应由该责任主体承担，而不应由医保基金支付。

其次，即使医保基金在不知情的情况下先行支付了部分医疗费用，这并不意味着被侵权人可以因此获得双重利益。根据法律规定和禁止双重受益原则，被侵权人在获得侵权赔偿后，应主动向医保部门退还医保基金已支付的部分。否则，医保部门有权依法向被侵权人进行追偿。

现在，针对您的问题“提供劳务者受害责任只起诉医保自费可以吗”，我的答案是：不可以。因为医保自费部分只是医疗费用中的一部分，而且这部分费用可能并不完全由被侵权人自己承担。在提供劳务者受害责任纠纷中，如果存在明确的责任主体，那么被侵权人应起诉该责任主体，要求其承担全部或相应的医疗费用（包括医保已支付和未支付的部分）。被侵权人不能仅起诉医保自费部分，因为这样做可能忽视了责任主体的存在，也可能导致医保基金的不当流失。

此外，我还想提醒您，在处理此类纠纷时，应遵循诚实信用原则，如实向医疗机构和医保部门陈述相关事实。如果故意隐瞒相关情况或骗取医保基金，可能构成诈骗罪等违法行为，将受到法律的制裁。

综上所述，提供劳务者受害责任纠纷中，被侵权人应起诉明确的责任主体，要求其承担全部或相应的医疗费用，而不是仅起诉医保自费部分。