公司因经济损失罚员工工资，在符合法定条件和程序的情况下，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准，这样的做法才不违法。以下是对这一问题的详细分析：

法律依据

根据《工资支付暂行规定》第十六条：“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。”

具体分析

1. 扣除比例限制：

   • 用人单位因劳动者原因造成经济损失而要求赔偿时，可以从劳动者工资中扣除，但每月扣除的比例不得超过劳动者当月工资的20%。这一规定旨在保护劳动者的基本生活需求，防止用人单位过度扣除工资导致劳动者生活困难。

2. 最低工资标准保障：

   • 扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。这是为了确保劳动者在支付基本生活费用后，仍能维持最低水平的生活。如果扣除后的工资低于最低工资标准，用人单位应按最低工资标准支付。

3. 劳动合同约定：

   • 用人单位与劳动者应在劳动合同中明确约定因劳动者原因造成经济损失的赔偿方式和金额。如果劳动合同中没有相关约定，用人单位不得随意扣除劳动者工资作为赔偿。

4. 合法性与合理性：

   • 用人单位在扣除劳动者工资时，必须确保扣除行为的合法性和合理性。合法性体现在扣除比例和最低工资标准的遵守上；合理性则要求用人单位在扣除工资前，应充分考虑劳动者的实际经济状况和承担能力，避免过度扣除导致劳动者生活陷入困境。

实际操作建议

• 完善劳动合同：用人单位应在劳动合同中明确约定因劳动者原因造成经济损失的赔偿方式和金额，以避免后续纠纷。
• 合理确定扣除比例：在扣除劳动者工资时，用人单位应合理确定扣除比例，确保扣除后的剩余工资不低于当地月最低工资标准。
• 保留相关证据：用人单位在扣除劳动者工资前，应保留好相关证据，如经济损失的证明、劳动者过错的证明等，以备后续维权之需。

法律后果

如果用人单位违反上述规定，随意扣除劳动者工资作为赔偿，劳动者有权向当地劳动保障监察机构投诉举报，要求用人单位补发被扣除的工资，并可能面临劳动保障行政部门的处罚。

总结来说，公司在因员工原因造成经济损失时，可以从员工工资中扣除赔偿，但必须遵守法定比例和最低工资标准的规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。