违反《中华人民共和国疫苗管理法》第45条，对医疗机构的处罚需根据具体违法情形及后果严重程度，依据该法第八十六条至第八十九条的规定综合判定，具体处罚方式如下：

1. 一般违法情形（未造成严重后果）
   若医疗机构违反第45条关于疫苗接种信息记录、报告或告知义务的规定（如未如实记录接种信息、未按规定报告不良反应、未履行知情告知义务等），但未导致严重后果的，由县级以上人民政府卫生健康主管部门责令改正，给予警告，并可处以十万元以下罚款；对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予警告直至撤职处分，并责令停业1-6个月，吊销执业证书的除外。

2. 情节严重情形（造成严重后果或拒不改正）
   若医疗机构存在以下情形之一：

   • 因违反第45条导致疫苗接种事故或群体性健康损害；
     
   • 拒不改正违法行为或多次违法；
     
   • 伪造、隐匿、销毁接种记录等证据材料；
     由县级以上人民政府卫生健康主管部门责令停业整顿，并处以十万元以上五十万元以下罚款；对责任人员处以五万元以上二十万元以下罚款，并可由发证部门吊销执业证书；构成犯罪的，依法追究刑事责任（如涉嫌医疗事故罪、玩忽职守罪等）。

3. 特殊情形（涉及非法经营或制售假劣疫苗）
   若医疗机构在违反第45条的同时，存在第80条、第81条规定的非法采购、销售疫苗或使用假劣疫苗等行为，需并处违法所得5-10倍罚款（违法所得不足10万元的按10万元计算），情节严重的吊销执业许可证；构成犯罪的，依法以生产、销售假药罪或非法经营罪等追究刑事责任。

关键点说明：

• 处罚需结合违法行为的性质、后果及主观过错程度综合判定；
  
• 医疗机构作为责任主体，其直接负责的主管人员和其他责任人员需承担连带责任；
  
• 若违法行为涉及多部门管理职责（如药品监管、市场监管等），可能面临联合处罚。
  

建议：医疗机构应严格建立疫苗接种信息管理制度，确保记录真实完整、报告及时准确，并履行法定告知义务。如已面临处罚或风险，可进一步向我咨询具体应对方案。