用人单位使用非法入境人员属于违法行为，将面临行政处罚，情节严重的还可能承担刑事责任，同时需承担民事赔偿责任。具体分析如下：

1. 行政处罚
   根据《中华人民共和国出境入境管理法》第七十九条，容留、藏匿非法入境、非法居留的外国人，或协助非法入境、非法居留的外国人逃避检查的，对单位处五千元以上五万元以下罚款；若单位有违法所得，将没收违法所得，并处违法所得一倍以上三倍以下罚款。
   例如，用人单位为非法入境人员提供虚假劳动合同、住宿证明等材料，帮助其逃避边防检查，即属于违法行为。

2. 刑事责任风险
   若用人单位组织、运送他人偷越国（边）境，或协助非法入境人员逃避检查且情节严重（如多次实施、人数众多、造成严重后果等），可能构成《刑法》第三百一十八条的组织他人偷越国（边）境罪或第三百二十一条的运送他人偷越国（边）境罪，对单位直接负责的主管人员和其他直接责任人员，处二年以上七年以下有期徒刑，并处罚金；情节特别严重的，处七年以上有期徒刑或无期徒刑，并处罚金或没收财产。

3. 民事赔偿责任
   若非法入境人员在工作过程中发生工伤、人身损害等事故，用人单位可能因未依法签订劳动合同、未缴纳工伤保险等，需承担全部民事赔偿责任。此外，若非法入境人员对第三方造成损害，用人单位可能因选任过失（如未审查入境资格）承担连带赔偿责任。

建议用人单位立即采取以下措施：

1. 停止使用非法入境人员，终止劳动关系或劳务关系；
   
2. 配合公安机关调查，如实说明情况；
   
3. 完善用工审查制度，核查员工入境、居留证件真实性；
   
4. 若已发生损害，主动协商赔偿，避免纠纷升级。
   

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