结论概述：针对您提出的“非法转包已经按劳动大队达成的协议付完款了，两年后又有工人要工资”的问题，这主要涉及到非法转包的法律责任、工资支付义务以及诉讼时效等法律问题。以下是我从不同角度为您进行的分析和建议。
一、非法转包的法律责任
非法转包是指承包单位将其承包的工程转包给不具有相应资质条件的单位或个人，这种行为是违法的。根据相关法律法规，非法转包不仅可能导致合同无效，还可能使转包方承担相应的法律责任，包括但不限于支付工人工资、赔偿损失等。
二、工资支付义务
原转包方的责任：即使您已经按照劳动大队达成的协议付完了款项，但如果后续有工人主张工资，且能够证明其确实为该工程提供了劳务，那么原转包方（即您或您代表的公司）可能仍然需要承担支付工资的责任。这是因为非法转包行为本身违法，不能成为逃避工资支付义务的理由。
实际施工人的责任：如果实际施工人（即非法转包中的接收方）未支付工人工资，且工人能够证明这一点，那么实际施工人也需要承担支付工资的责任。但在此情况下，如果原转包方已经支付了款项给实际施工人，且能够证明这一点，那么原转包方在承担支付责任后，有权向实际施工人追偿。
三、诉讼时效问题
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。这意味着，如果工人在两年后主张工资，但仍在诉讼时效期间内（即从知道或应当知道权利被侵害之日起三年内），那么其主张仍然可能得到法院的支持。然而，如果超过了诉讼时效期间，且没有法定事由导致时效中断或中止，那么工人的主张可能会被法院驳回。
四、建议与措施
核实工人主张的真实性：首先，您需要核实工人主张的工资是否真实存在，以及是否确实为该工程提供了劳务。这可以通过查阅相关劳务合同、考勤记录、工资单等证据来进行。
与工人协商解决：如果工人主张的工资确实存在，且您或您代表的公司确实需要承担支付责任，那么建议您与工人进行协商，寻求和解方案。这可以避免不必要的法律纠纷和诉讼成本。
寻求法律帮助：如果协商无果，或者工人主张的工资存在争议，那么建议您寻求专业的法律帮助。我可以根据您的具体情况，为您提供法律咨询、代理诉讼等法律服务，帮助您维护合法权益。
加强内部管理：为了避免类似情况再次发生，建议您加强内部管理，规范转包行为，确保与具有相应资质条件的单位或个人进行合作，并签订合法有效的劳务合同，明确双方的权利和义务。
五、可能面临的法律后果
如果您或您代表的公司未按照法律规定支付工人工资，那么可能面临以下法律后果：
因此，我建议您认真对待工人的工资主张，并采取积极措施予以解决。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。