在确认征迁补偿协议无效的情况下，一般应同时提起行政赔偿诉讼，而非民事赔偿诉讼，但具体需结合协议性质及纠纷实际情况判断。以下从不同角度为你详细分析：

从协议性质及法律关系角度

征迁补偿协议本质上是行政机关为实现公共利益，在履行行政职责过程中与被征迁人达成的协议，具有行政法上的权利义务内容，属于行政协议范畴。根据相关法律规定及司法实践，当该协议被确认无效后，因协议履行等产生的争议，应通过行政赔偿诉讼来解决。行政赔偿诉讼是针对行政机关及其工作人员在行使行政职权时侵犯公民、法人和其他组织合法权益造成损害，而由受害人提起的赔偿诉讼，与征迁补偿协议无效后所涉及的行政法律关系相契合。

例如，某市政府因城市建设需要征收某企业土地及房屋，与企业签订了征迁补偿协议。后该协议因程序违法被确认无效，企业因协议无效遭受了经济损失，如搬迁费用、停产停业损失等。此时，企业应向法院提起行政赔偿诉讼，要求市政府对其损失进行赔偿。

从诉讼主体及举证责任角度

在行政赔偿诉讼中，被告是行政机关，原告是被征迁人。行政机关需要对其行政行为的合法性承担举证责任，这有利于被征迁人维护自身合法权益。因为被征迁人往往处于相对弱势的地位，在获取证据等方面存在一定困难。而行政机关作为征收主体，掌握着更多的信息和资源，由其承担举证责任更符合公平原则。

相比之下，民事赔偿诉讼中，双方当事人的地位相对平等，举证责任分配也较为均衡。如果将征迁补偿协议无效后的赔偿纠纷作为民事案件处理，被征迁人可能需要承担更多的举证责任，这对其来说是不利的。

特殊情况：可能涉及民事赔偿诉讼的情形

虽然一般情况下征迁补偿协议无效后应提起行政赔偿诉讼，但在某些特殊情况下，也可能涉及民事赔偿诉讼。例如，如果征迁补偿协议中包含了民事合同的内容，如被征迁人与第三方约定了某些民事权利义务关系，且该部分内容与行政征收行为无关，那么因这部分民事内容产生的纠纷，可能就需要通过民事赔偿诉讼来解决。

不过，这种情况相对较少，且需要具体分析协议中的民事内容与行政征收行为之间的关联性。如果难以区分或者存在争议，建议及时咨询专业律师，以便准确判断诉讼类型。

法律建议

1. 及时收集证据：在确认征迁补偿协议无效后，要尽快收集与协议签订、履行以及自身损失相关的证据，如协议文本、征收决定、评估报告、损失清单等，以便在诉讼中能够充分证明自己的主张。
2. 咨询专业律师：由于征迁补偿协议无效后的赔偿诉讼涉及复杂的法律问题和程序，建议及时向我咨询，我会根据你的具体情况，为你制定合理的诉讼策略，维护你的合法权益。
3. 注意诉讼时效：提起行政赔偿诉讼或民事赔偿诉讼都有一定的时效限制，要在规定的时效内提起诉讼，否则可能会丧失胜诉权。

如果你在征迁补偿协议无效后的赔偿问题上还有其他疑问，可以直接向我咨询，我会为你提供更详细的解答。