针对房屋征收补偿协议起诉的性质，既可能属于行政纠纷，也可能属于民事纠纷，具体取决于纠纷的具体情况和涉及的主体。以下是对此问题的详细分析：
一、属于行政纠纷的情况
征收主体与性质：
- 在国有土地上房屋征收过程中，征收行为是基于公共利益需要，由政府主导实施的行政行为。当被征收人与房屋征收部门就补偿款的数额、支付方式、支付时间等问题无法达成一致，或者对征收补偿决定不服时，这种纠纷通常被视为行政纠纷。
法律依据：
- 根据《中华人民共和国行政诉讼法》第十二条第一款第十一项的规定，人民法院受理公民、法人或者其他组织提起的关于行政机关不依法履行、未按照约定履行或者违法变更、解除土地房屋征收补偿协议等协议的诉讼。这意味着，如果纠纷涉及行政机关在征收补偿过程中的具体行政行为，如补偿决定的合法性、合理性等，那么应通过行政诉讼途径解决。
典型情形：
- 政府以公共利益为由强制调整已生效的补偿标准；
- 未依法进行社会稳定风险评估即变更补偿方案引发的争议；
- 被征收人对政府作出的补偿决定不服，申请行政复议或提起行政诉讼。
二、属于民事纠纷的情况
平等主体间的合同纠纷：
- 如果房屋征收补偿协议是拆迁人（如开发商）与被拆迁人作为平等民事主体，基于意思自治原则达成的民事合同，那么因协议履行产生的争议（例如补偿金额未兑现、支付延迟等）则属于民事纠纷。
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》第二条的规定，民法调整平等主体的自然人、法人和非法人组织之间的人身关系和财产关系。此类协议符合民事合同的特征，受民事法律规范调整。因此，如果纠纷仅涉及协议双方之间的权利义务关系，而不涉及行政机关的具体行政行为，那么应通过民事诉讼途径解决。
典型情形：
- 开发商与被拆迁户就安置房交付标准发生分歧；
- 协议约定的搬迁过渡费支付逾期引发诉讼；
- 被征收人家庭内部成员之间关于补偿款的分配存在异议（此时争议主体为平等的民事主体，也属于民事纠纷范畴）。
三、综合建议
- 明确纠纷性质：在面对房屋征收补偿协议纠纷时，首先应明确纠纷的性质，即判断其是属于行政纠纷还是民事纠纷。这有助于确定正确的诉讼途径和法律依据。
- 选择适当的解决途径：根据纠纷的性质，选择适当的解决途径。如果是行政纠纷，可以通过行政复议或行政诉讼来维护自身权益；如果是民事纠纷，则可以通过民事诉讼来寻求救济。
- 收集证据：无论选择哪种解决途径，都需要收集充分的证据来支持自己的主张。这包括协议文本、相关法律法规、政府文件、沟通记录等。
- 咨询专业律师：虽然在这里我为你提供了全面的法律分析，但在实际操作中，每个案件的具体情况都有所不同。因此，如果你面临具体的房屋征收补偿协议纠纷，建议直接向我咨询，以便根据具体证据和情况做出准确判断，并为你提供更具体的法律指导与支持。
希望以上分析能对你有所帮助。如果你有任何其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我提问。