当征收部门违反征收协议时，被征收人通常应当提起行政诉讼。以下是对此结论的详细解释：

1. 行政诉讼的适用性：

   • 征收协议本质上具有行政法上的权利义务内容，因为征收行为是行政机关为实现公共利益或行政管理目标而进行的。
   • 当征收部门违反协议时，被征收人可以通过行政诉讼来要求行政机关履行其法定职责，或就因行政机关违反协议而造成的损失要求赔偿。
   • 行政诉讼能够更全面地审查行政机关的行为，包括其合法性和合理性，从而更有效地保护被征收人的合法权益。

2. 民事诉讼的特殊性：

   • 在极少数特殊情况下，如果征收协议中的争议核心在于纯粹的民事合同性质条款，并且双方在协议中有明确约定发生争议按民事诉讼方式解决，那么可能存在提起民事诉讼的可能性。
   • 然而，这种情况相对较少见，因为征收协议通常与行政征收行为紧密相连，具有很强的行政属性。

3. 法律依据：

   • 根据《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》，公民、法人或其他组织就土地、房屋等征收征用补偿协议提起行政诉讼的，人民法院应当依法受理。
   • 这一规定明确了征收补偿协议纠纷属于行政诉讼的受案范围。

综上所述，当征收部门违反征收协议时，被征收人通常应选择提起行政诉讼来维护自身权益。这是因为征收协议具有行政法上的权利义务内容，且行政诉讼能够更全面地审查行政机关的行为并保护被征收人的合法权益。如果你在此类问题上遇到困惑或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。