关于独立核算的事业单位私发加班费是否违法以及发不上工资谁管的问题，可以分两部分来解答：

1. 独立核算的事业单位私发加班费是否违法

   • 一般原则：事业单位应当遵循国家关于工资、福利和加班费的相关规定。私发加班费，如果符合国家关于加班费支付的标准和程序，且没有违反其他相关法律法规，通常并不构成违法。但关键在于“私发”是否意味着绕过了正常的财务和审批流程，以及加班费的计算和支付是否符合规定。
   • 具体分析：如果事业单位未经正规程序，如未经过财务审批、未纳入单位财务账目等，私自给员工发放加班费，这可能涉及财务违规或税务问题，但并不直接等同于“违法”支付加班费本身。真正的违法情况可能是加班费的支付标准低于国家规定，或者未按照法定程序计算和支付。
   • 建议：事业单位应确保加班费的支付符合国家规定，并经过正规程序审批和记录，以避免潜在的财务和法律风险。

2. 发不上工资谁管

   • 责任主体：如果独立核算的事业单位无法按时足额支付员工工资，首先应由该事业单位自身负责解决。事业单位作为用人单位，有义务按照劳动合同和国家规定支付员工工资。
   • 投诉渠道：
     • 劳动监察部门：员工可以向当地的劳动监察部门投诉，劳动监察部门有权对用人单位的工资支付情况进行监督检查，并责令用人单位限期支付拖欠的工资。
     • 劳动争议仲裁委员会：如果劳动监察部门的处理未能解决问题，员工还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位支付拖欠的工资及可能的经济补偿。
     • 法院：在仲裁裁决后，如果用人单位仍不履行支付义务，员工可以向法院提起诉讼，通过司法程序追讨工资。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位必须按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。

总结与建议：

• 对于加班费问题，事业单位应确保支付符合国家规定，并经过正规程序审批和记录。
• 对于工资拖欠问题，员工应首先与用人单位沟通协商，如果无法解决，可以向劳动监察部门投诉、向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向法院提起诉讼。
• 在整个过程中，员工应保留好相关证据，如劳动合同、工资条、加班记录等，以便在需要时证明自己的权益。

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