结论：工程中间支付申请和变更签证索赔是否可以使用项目公章，需根据具体情况及合同约定、公司章程及相关法律法规综合判断。一般情况下，若合同或公司章程允许，且不违反法律法规强制性规定，可以使用项目公章；但若合同或公司章程有特别约定，或涉及重大利益，建议使用公司公章或合同专用章。以下从不同角度进行详细分析：

一、合同约定角度

1. 合同有明确约定：

   • 若建设工程合同中明确规定了支付申请和变更签证索赔应使用的印章类型（如公司公章、合同专用章或项目公章），则应严格按照合同约定执行。
   • 使用非合同约定的印章可能导致支付申请或变更签证索赔被视为无效，从而影响工程款的支付和变更签证的确认。

2. 合同无明确约定：

   • 若合同未明确规定印章类型，则需参考公司章程、内部管理制度及相关法律法规。
   • 在此情况下，使用项目公章可能具有一定的合理性，但需确保该印章的使用符合公司章程和内部管理制度的规定。

二、公司章程及内部管理制度角度

1. 公司章程允许：

   • 若公司章程明确规定项目公章可用于工程中间支付申请和变更签证索赔等事务，则可以使用项目公章。
   • 但需确保项目公章的使用符合公司章程规定的程序和要求，如需经过特定审批流程等。

2. 公司章程无明确规定或禁止：

   • 若公司章程未明确规定项目公章的使用范围，或明确禁止使用项目公章进行此类事务，则应避免使用项目公章。
   • 在此情况下，建议使用公司公章或合同专用章，以确保支付申请和变更签证索赔的合法性和有效性。

三、法律法规角度

1. 不违反法律法规强制性规定：

   • 使用项目公章进行工程中间支付申请和变更签证索赔，需确保不违反《中华人民共和国民法典》、《中华人民共和国公司法》等相关法律法规的强制性规定。
   • 例如，不得使用伪造、变造的印章，不得使用已经注销或作废的印章等。

2. 涉及重大利益时的谨慎使用：

   • 若工程中间支付申请或变更签证索赔涉及重大利益（如大额工程款支付、重大设计变更等），建议谨慎使用项目公章。
   • 在此情况下，使用公司公章或合同专用章可能更能体现公司的正式态度和法律责任，有助于减少潜在的法律风险。

四、实际操作建议

1. 审查合同和公司章程：

   • 在进行工程中间支付申请和变更签证索赔前，应仔细审查建设工程合同和公司章程，明确印章使用的规定和要求。

2. 咨询公司内部法务或律师：

   • 若对印章使用有疑问或不确定，建议咨询公司内部法务或专业律师，以获取准确的法律意见和指导。

3. 保留相关证据：

   • 在使用项目公章进行工程中间支付申请和变更签证索赔时，应保留好相关证据（如印章使用审批记录、支付申请或变更签证索赔文件等），以备不时之需。

如有进一步疑问或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。