关于变更签证是否可以与工程款一起办理支付程序的问题，这主要取决于具体的合同约定以及当地的相关政策规定。以下是一些详细的分析和解答：
首先，从合同约定的角度来看，变更签证和工程款的支付通常是紧密相关的。在建设工程合同中，变更签证往往是对原合同内容的修改或补充，它直接影响到工程款的计算和支付。因此，在合同中，发承包双方通常会就变更签证的确认、计价以及支付方式等作出明确约定。如果合同中明确规定了变更签证可以与工程款一起办理支付程序，那么双方就应当按照合同约定执行。
其次，从政策规定的角度来看，不同地区、不同部门可能会有不同的规定。例如，根据您提供的《关于完善建设工程价款结算有关办法的通知》（财建〔2022〕183号），其中提到了过程结算的概念，即发承包双方可以通过合同约定，将施工过程按时间或进度节点划分施工周期，对周期内已完成且无争议的工程量（含变更、签证、索赔等）进行价款计算、确认和支付。这实际上为变更签证与工程款一起办理支付程序提供了政策依据。然而，具体是否可以一起办理，还需要看当地的具体实施细则或相关部门的解释。
另外，您还提到了《福建省房屋建筑和市政基础设施工程领域工程款支付担保管理实施办法(2025年版)》，这个实施办法主要关注的是工程款支付担保的问题，虽然它并没有直接回答变更签证是否可以与工程款一起办理支付程序，但它强调了工程款支付担保的重要性，以及担保金额、担保方式等方面的规定。这些规定间接地影响了工程款的支付流程，包括变更签证部分的支付。
综合以上分析，我可以给出以下建议：
仔细审查合同：首先，您应当仔细审查建设工程合同，查看其中是否有关于变更签证与工程款支付程序的明确约定。
咨询当地政策：其次，您可以咨询当地的建设主管部门或相关机构，了解当地对于变更签证与工程款支付程序的具体规定或解释。
与发承包双方协商：如果合同中没有明确约定，或者当地政策没有明确规定，您可以与发承包双方进行协商，共同确定一个合理的支付程序。
确保合规性：无论采取何种支付程序，都应当确保符合相关法律法规和政策规定，以避免潜在的法律风险。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的解释，请随时告诉我。