结论：公司强迫员工三日内上班，否则按员工协商离职处理，这种做法一般是不合法的。下面从不同角度为你详细分析：
从劳动合同的履行角度来看
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。双方都应当按照劳动合同的约定，全面履行各自的义务。员工在正常履行请假等合法手续后，公司不能单方面强制要求员工在特定时间内返回工作岗位，否则就违反了劳动合同的约定以及公平、自愿的原则。例如，员工因生病向公司请假，公司却要求员工三日内必须上班，否则视为协商离职，这种做法就侵犯了员工合理休假的权利。
从协商离职的法定程序角度来看
协商离职是指用人单位与劳动者在平等自愿、协商一致的基础上，解除劳动合同。这需要双方就离职的相关事宜，如离职时间、经济补偿等达成一致意见，并形成书面的协议。而公司单方面规定员工三日内不上班就按协商离职处理，并没有经过与员工的平等协商，不符合协商离职的法定程序。比如，公司没有与员工就离职补偿等问题进行任何沟通，就直接以不按时上班为由认定协商离职，这是不合法的。
从公司规章制度的合法性角度来看
即使公司有相关的规章制度规定员工必须按时上班，否则按协商离职处理，该规章制度也必须符合法律规定。根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。并且，用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。如果公司的这项规定没有经过上述法定程序制定和公示，那么该规定对员工是不具有法律效力的。
员工可以采取的应对措施
如果公司存在这种不合法行为，员工可以采取以下措施：
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