疫情期间隔离，公司扣工资一般是不合法的，但具体需根据隔离原因和情况来判断。以下是从不同角度的详细分析：

一、因政府实施隔离措施或紧急措施导致不能提供正常劳动

1. 支付规定：

   • 根据《中华人民共和国传染病防治法》第四十一条第二款，若员工因政府实施的隔离措施或紧急措施无法到岗工作，企业应当支付其在此期间的工作报酬，且不得解除劳动合同。工资支付标准应参照职工正常出勤下的工资。
   • 同时，人力资源社会保障部办公厅《关于妥善处理新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控期间劳动关系问题的通知》也明确指出，对新型冠状病毒感染的肺炎患者、疑似病人、密切接触者在其隔离治疗期间或医学观察期间以及因政府实施隔离措施或采取其他紧急措施导致不能提供正常劳动的企业职工，企业应当支付职工在此期间的工作报酬。

2. 实际操作：

   • 在此情况下，企业应按照员工正常出勤的工资标准全额支付工资，不得有任何扣减。如果公司扣除了工资，那么这种行为就是违法的。

二、员工个人原因导致隔离

1. 因自身确诊、疑似感染等被隔离：

   • 支付规定：按照病假工资支付规定发放工资。根据劳动部相关意见，病假工资可以低于当地最低工资标准，但不得低于最低工资标准的80%。
   • 实际操作：企业应按照病假工资标准支付员工工资，确保不低于当地最低工资标准的80%。这种情况下，公司扣除的工资部分应符合病假工资的规定，如果扣除过多则可能违法。

2. 因接触确诊或疑似病例等需居家隔离观察：

   • 能居家办公：若员工能通过电话、网络等方式在家办公并提供正常劳动，企业应按照正常出勤支付工资。此时，公司不应扣除工资。
   • 不能居家办公：若员工无法居家办公，一般参照事假处理，企业可以不支付工资。但企业有相关特殊规定的，从其规定。此外，也可考虑与员工协商安排待岗，并按照不低于当地最低工资标准的70%至80%支付基本生活费。在这种情况下，如果公司未与员工协商一致就扣除工资，可能构成违法。

三、特殊情况处理

• 长期未复工：若员工因疫情未能复工时间较长（如超过一个月），企业可与员工协商一致，安排待岗并支付基本生活费。此时，扣除的工资部分应符合待岗期间的生活费标准。
• 企业停工停产：若企业因受疫情影响导致停工停产，对于未复工的员工，也应按照相关规定支付工资或生活费。如果公司在此情况下扣除工资，且扣除的部分不符合相关规定，则可能违法。

四、法律后果与救济途径

• 如果用人单位未按约定或国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬，劳动行政部门可以责令限期支付，并可能要求用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金。
• 在更严重的情况下，如果用人单位逃避支付劳动者的劳动报酬或有能力支付而不支付，且数额较大，可能会面临刑事处罚。
• 员工在遇到公司扣工资的情况时，应先与公司沟通协商；若协商不成，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自身合法权益。

总结与建议：

疫情期间隔离，公司扣工资是否合法需根据具体情况来判断。如果是因为政府实施的隔离措施或紧急措施导致不能提供正常劳动，公司应全额支付工资，不得扣除；如果是因为员工个人原因导致隔离，公司应按照相关规定支付病假工资、事假工资或基本生活费，不得随意扣除。如果公司扣除了工资且不符合相关规定，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

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