公司旷工扣工资在一定条件下是合法的，但需严格遵循法律规定和合理限度。以下是对这一问题的详细分析：
一、合法性基础与法律依据
《劳动法》规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。但这里的“无故”并不涵盖因劳动者过错（如旷工）导致的扣款情形。若企业规章制度明确旷工的处罚措施（如扣减当日工资），且该制度经民主程序制定并公示，则扣款行为具有合法性基础。
《工资支付暂行规定》支持：
- 第十六条明确规定，因劳动者本人原因给单位造成经济损失时，用人单位可扣除工资赔偿损失，但每月扣除部分不得超过当月工资的20%，且剩余工资不得低于当地最低工资标准。这一条款为旷工扣款提供了直接依据，但前提是旷工行为确实给用人单位造成了经济损失。
二、合法扣除工资的条件与程序
制度合规性：
- 用人单位应制定明确的劳动纪律和考勤制度，并在劳动合同或员工手册中明确规定旷工的定义、后果及扣发工资的标准。
- 规章制度需经过民主程序制定（如职工代表大会讨论），并向劳动者公示或告知（如通过员工手册、邮件通知、公告栏张贴等方式），确保其知晓并同意遵守。
旷工事实认定：
- 用人单位应有充分的证据证明员工存在旷工行为，如考勤记录、监控视频、旷工通知送达凭证等。
- 在认定旷工时，应排除不可抗力因素导致的缺勤（如自然灾害、突发疾病等），以及员工已履行请假手续但未获批准的特殊情况。
履行告知义务：
- 在扣除工资前，用人单位应以书面形式通知员工旷工的事实、拟扣除的工资数额及依据。
- 给予员工陈述和申辩的机会，确保其合法权益不受侵害。例如，员工可能因交通堵塞、家庭紧急情况等合理原因迟到或旷工，用人单位应听取其解释后再做决定。
合理扣除工资：
- 扣除的工资数额应与旷工造成的实际损失相当，且不得超过法律规定的上限（即当月工资的20%）。
- 扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。例如，若员工月工资为5000元，旷工一天导致公司损失200元，则公司最多只能扣除200元，且需确保剩余工资不低于最低工资标准。
三、违法风险与争议处理
违法风险点：
- 未公示的规章制度、超比例扣款、无证据支持的扣款均可能被认定为违法行为。例如，某公司因未证明员工知晓考勤制度，其扣款主张被法院驳回。
- 用人单位不得对员工的同一旷工行为既进行罚款又扣除工资，以免构成重复处罚。
维权途径：
- 员工可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。典型案例显示，某员工因旷工被扣发整月工资，仲裁委裁决公司返还超额扣款并支付经济补偿金。
四、实操建议
企业端操作要点：
- 建立完善的考勤管理制度，明确旷工的定义和处罚措施。
- 确保扣款规则经过民主程序制定，并向员工公示或告知。
- 采用书面方式固定旷工事实，如要求员工签字确认旷工通知。
- 扣款前履行告知义务，给予员工陈述和申辩的机会。
员工端注意事项：
- 主动了解企业规章制度，特别是关于旷工和扣款的规定。
- 对旷工认定存在异议时及时申诉，保留相关证据（如交通票据、医院证明等）。
- 若认为扣款行为不合法，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
总结来说，公司旷工扣工资并非绝对合法或非法，而是取决于用人单位的规章制度、劳动合同的约定、旷工给用人单位造成的实际损失以及相关法律法规的规定。若用人单位依法制定规章制度，且扣薪标准合理并事先告知劳动者，同时劳动合同中有相关约定，且扣薪幅度不超过法定限制，则扣工资可能合法。否则，扣工资行为可能违法。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。