在公司涉及非法经营的情况下，员工如何处理确实是一个复杂且关键的问题，这直接关系到员工的法律责任与权益保护。以下是我根据相关法律法规和实际情况，为您提供的详细解答：
一、员工不知情且未参与非法经营活动
法律责任：
- 如果员工对公司的非法经营活动确实不知情，也没有实际参与，那么根据法律原则，该员工通常不需要承担任何法律责任。这是因为法律在判定犯罪时，遵循主客观相一致的原则，即无主观故意则不构成犯罪。
权益保护：
- 尽管员工无需承担法律责任，但公司非法经营可能导致公司被吊销营业执照或责令关闭，从而使员工面临失业风险。
- 在此情况下，员工有权根据《中华人民共和国劳动合同法》申请劳动仲裁，要求公司支付经济补偿等合法权益。
二、员工知情但未直接参与非法经营核心活动
法律责任：
- 若员工知道公司存在非法经营行为，并在一些辅助性、边缘性的工作中提供了帮助，虽未直接参与核心环节，但仍可能被认定为从犯。
- 对于从犯，法律规定应当从轻、减轻处罚或者免除处罚，具体量刑会综合考虑员工在非法活动中的作用、参与程度及悔罪表现等因素。
权益保护：
- 公司有权因员工知情未制止而解除劳动合同，但员工在劳动合同解除时仍有权根据法律规定获得相应的经济补偿。
- 员工可以积极收集证据，证明自己在非法经营活动中的辅助性角色，以争取更轻的处罚或免除处罚。
三、员工积极参与非法经营活动
法律责任：
- 如果员工不仅知情，还积极参与到非法经营活动中，甚至起关键作用，那么该员工可能会被认定为主犯，并受到较重的刑事处罚和民事赔偿责任。
- 具体责任会根据非法经营的具体罪名和情节来确定，如非法经营罪、诈骗罪等，以及经营数额、违法所得数额等。
权益保护：
- 公司通常会因员工的严重违法行为而解除劳动合同，员工在这种情况下可能无法获得经济补偿。
- 员工还需承担因其违法行为给公司造成的损失的赔偿责任，并可能面临刑事处罚，如有期徒刑、拘役、罚金等。
四、员工的自保措施与权益保护建议
了解法律法规：
- 员工应熟悉相关法律法规，明确自己在公司违法行为中可能承担的法律责任，以便在面临风险时做出正确的决策。
保持警惕与收集证据：
- 员工应保持高度警惕，注意观察公司的经营行为是否合法合规。一旦发现公司存在违法行为，应尽快收集相关证据以备将来可能的法律诉讼。
采取积极措施：
- 员工可以向公司管理层或相关部门反映情况，要求停止违法行为并采取措施纠正。若公司未采取行动或员工面临法律风险，应及时向执法部门报案并配合调查。
寻求专业帮助：
- 员工可以寻求专业律师的帮助来了解自己的权利和义务，并制定合适的应对策略。律师可以提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助员工维护自身合法权益。
关注劳动补偿：
- 即使公司存在非法经营行为，员工在劳动合同解除或终止时仍有权获得相应的经济补偿。若公司非法解除劳动合同，还需按照经济补偿标准的两倍向员工支付赔偿金。
综上所述，公司在非法经营时，员工的处理方式需根据具体情况而定。员工应了解自己的法律责任和权益保护措施，在面临风险时采取积极的应对措施以维护自身合法权益。同时，我也建议员工在日常工作中保持警惕，遵守法律法规，避免卷入公司的非法经营活动。