结论：员工在公司因工作原因患重大疾病且不能胜任任何工作，公司需根据具体情况，结合相关法律法规，妥善处理员工的劳动关系及赔偿问题。以下从多个角度进行分析：
一、法律背景与规定
《劳动法》与《劳动合同法》的相关规定：
- 根据《劳动法》及《劳动合同法》，员工因工作原因患职业病或因工负伤并被确认丧失或者部分丧失劳动能力的，用人单位不得依照本法第四十条、第四十一条的规定解除劳动合同。这意味着，如果员工因工作原因患重大疾病，且该疾病被认定为职业病或与工作有直接关系，公司不能随意解除劳动合同。
- 若员工非因工患重大疾病，在规定的医疗期满后不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的，用人单位可以提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，解除劳动合同。但需支付经济补偿金。
医疗期与病假工资：
- 员工因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期。
- 在医疗期内，公司需按照相关规定支付病假工资或疾病救济费，且不得低于当地最低工资标准的80%。
二、公司应采取的措施
确认疾病性质与工作关系：
- 公司应首先确认员工所患疾病是否为职业病或与工作有直接关系。这通常需要通过专业的医疗鉴定来确定。
- 如果疾病与工作有关，公司需承担相应的医疗费用和赔偿责任，并遵守《劳动法》及《劳动合同法》中关于不得随意解除劳动合同的规定。
安排医疗期与病假：
- 根据员工的实际工作年限和在本单位的工作年限，确定医疗期的长度。
- 在医疗期内，公司需按照规定支付病假工资或疾病救济费，并保障员工的医疗权益。
考虑岗位调整与培训：
- 如果员工在医疗期满后仍不能胜任原工作，公司应考虑为其调整工作岗位或提供必要的培训，以帮助其恢复工作能力。
- 如果员工经过调整或培训后仍不能胜任工作，公司可以依据《劳动合同法》的相关规定解除劳动合同，但需支付经济补偿金。
解除劳动合同与赔偿：
- 如果公司决定解除劳动合同，需提前三十日以书面形式通知员工本人或额外支付一个月工资作为代通知金。
- 公司需按照员工在本单位的工作年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付经济补偿金。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向员工支付半个月工资的经济补偿。
三、特殊情况与注意事项
职业病认定：
- 如果员工所患疾病被认定为职业病，公司需承担更重的赔偿责任，包括医疗费用、伤残津贴、一次性伤残补助金等。
- 职业病认定需由专业的职业病诊断机构进行，公司应积极配合员工进行认定申请。
员工拒绝调整岗位或培训：
- 如果员工拒绝公司为其调整的工作岗位或提供的培训，公司可以依据《劳动合同法》的相关规定解除劳动合同，但仍需支付经济补偿金。
争议解决：
- 如果公司与员工在处理劳动关系及赔偿问题上发生争议，可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。
- 公司应保留好相关证据，如医疗证明、工资单、劳动合同等，以备在争议解决过程中使用。
建议：公司在处理员工因工作原因患重大疾病且不能胜任任何工作的问题时，应严格遵守相关法律法规，确保员工的合法权益得到保障。同时，公司也应积极与员工沟通，寻求合理的解决方案，以维护良好的劳动关系。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。