结论：该协议的效力需分情况讨论，若协议签订过程合法合规且不存在其他无效情形，则协议有效；但若存在损害其他住房困难户合法权益等情形，则协议可能部分无效或全部无效。以下为详细分析：

协议有效的情形

1. 签订程序合法：如果拆迁方在与其中一户签订协议时，严格遵循了法定程序，比如提前发布了拆迁公告，告知了所有相关权利人拆迁的相关事宜，包括补偿标准、安置方式等，并且该户是在充分了解这些信息的基础上，自愿与拆迁方签订协议，没有受到欺诈、胁迫等不正当手段的影响，那么从程序合法性的角度来看，这份协议是有效的。例如，拆迁方按照当地政府规定的拆迁流程，先进行了房屋评估，出具了合理的评估报告，然后依据评估报告与该户协商补偿方案，最终达成一致并签订协议，整个过程公开透明、合法合规。
2. 不损害其他户合法权益：协议的签订没有损害同一宅基地上其他两户住房困难户的合法权益。也就是说，拆迁方给予该户的补偿和安置，是基于该户自身房屋的实际情况、人口状况等因素合理确定的，没有因为只与这一户签订协议而减少其他户应得的补偿或安置权益。比如，该户的房屋面积、人口数量等与其他户有明显差异，拆迁方根据这些差异给予了不同的补偿，且这种差异是合理的，那么这份协议就不会因为涉及其他户而无效。

协议无效或部分无效的情形

1. 损害其他户合法权益：如果拆迁方在与这一户签订协议时，存在故意损害其他两户住房困难户合法权益的行为，那么这份协议可能会被认定为部分无效或全部无效。例如，拆迁方为了降低拆迁成本，与该户私下达成协议，给予其远高于合理标准的补偿，而忽视了其他两户的权益，导致其他两户无法获得应有的补偿和安置，这种情况下，其他两户可以主张该协议中涉及损害他们权益的部分无效。
2. 违反法律法规强制性规定：如果协议的内容违反了法律法规的强制性规定，那么该协议自始无效。比如，当地政府明确规定了拆迁补偿的标准和范围，而拆迁方与该户签订的协议中的补偿标准低于政府规定的最低标准，或者协议中约定了违反法律法规的安置方式，如将安置房屋建在不符合规划要求的土地上等，这些情况都会导致协议无效。

后续建议

1. 对于已签订协议的户：如果认为协议合法有效，且已经履行完毕，那么可以保留好相关协议和履行凭证，如补偿款收据、安置房屋的产权证书等，以备后续可能出现的纠纷。如果发现协议存在无效情形，可以与拆迁方协商重新签订协议或要求拆迁方给予合理的补偿调整；协商不成的，可以通过法律途径维护自己的合法权益。
2. 对于未签订协议的两户：如果认为拆迁方与另一户签订的协议损害了自己的合法权益，可以及时向拆迁方提出异议，要求拆迁方重新评估自己的房屋和人口情况，给予合理的补偿和安置。如果拆迁方不予理会，可以向当地政府的拆迁管理部门投诉，或者通过法律诉讼的方式解决纠纷。

在处理这类拆迁补偿纠纷时，情况往往比较复杂，涉及到多方面的法律问题和利益关系。如果你还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。