结论：事业单位女科员因学历不符，在还有两年退休的情况下，是否会被开除，需结合具体情况分析，一般情况下，若学历问题不构成严重违纪或违法，且未造成重大损失，单位通常不会因此开除临近退休的员工。但若学历问题涉及伪造、欺诈等严重违法违纪行为，则可能面临开除等纪律处分。
分析说明：
学历不符的性质：
- 如果学历不符是由于历史原因、信息录入错误或单位审核不严等非个人主观故意造成的，且该员工在工作期间表现良好，未因学历问题影响工作质量和效率，那么单位通常不会因此开除员工。
- 如果学历不符是员工个人伪造、欺诈等行为导致的，且该行为被单位发现，那么根据事业单位的规章制度和相关法律法规，员工可能面临纪律处分，包括开除。
临近退休的特殊情况：
- 考虑到员工还有两年退休，单位在处理此类问题时，通常会更加谨慎，避免引发不必要的劳动争议和社会影响。
- 如果学历问题不构成严重违纪或违法，且未对单位造成重大损失，单位可能会选择其他方式处理，如警告、罚款、降职等，而不是直接开除。
相关法律法规：
- 根据《事业单位人事管理条例》等相关法律法规，事业单位工作人员因违纪违法应当给予处分的，由单位或者主管部门根据事实依照规定作出处分决定。但处分应当事实清楚、证据确凿、定性准确、处理恰当、程序合法、手续完备。
- 在处理临近退休员工时，单位还需考虑员工的年龄、工龄、健康状况等因素，以及开除可能对其生活造成的重大影响。
行动建议：
核实学历问题：
- 首先，员工应核实自己的学历问题是否确实存在，以及问题的性质和严重程度。
- 如果学历问题是由于单位审核不严或信息录入错误导致的，员工可以与单位沟通，寻求更正或解释。
了解单位规章制度：
- 员工应仔细阅读单位的规章制度，了解关于学历要求、违纪处理等方面的规定。
- 如果单位规章制度中未明确规定学历不符的处理方式，员工可以咨询单位人事部门或法律顾问，了解可能的处理结果。
积极沟通协商：
- 如果员工担心学历问题可能影响自己的工作，可以主动与单位沟通，说明情况，寻求单位的理解和支持。
- 在沟通过程中，员工可以强调自己的工作表现、贡献和忠诚度，以及开除可能对自己和家庭造成的重大影响。
寻求法律援助：
- 如果员工认为单位的处理方式不公正或违法，可以寻求法律援助，维护自己的合法权益。
- 在此过程中，员工可以咨询专业律师，了解自己的法律权利和义务，以及可能的法律后果和应对策略。
后续观察：
- 员工应密切关注单位的处理动态，及时与单位沟通协商，争取达成双方都能接受的解决方案。
- 如果单位最终决定开除员工，员工应了解开除的具体理由和依据，以及自己的申诉权利和途径。
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