结论：绿化工程存在质量问题，但甲方已经投入使用，这并不意味着甲方可以不付款。是否付款需根据具体情况，结合合同条款、法律规定以及实际履行情况来综合判断。以下从不同角度进行分析：
合同条款的约定：
- 首先，应仔细审查绿化工程合同中关于质量标准、付款条件以及违约责任等条款的约定。如果合同中明确规定了工程质量的验收标准，并且约定了甲方在验收合格后支付款项的义务，那么即使工程存在质量问题，但如果甲方已经投入使用，且未在合同约定的期限内提出异议或要求整改，甲方可能仍需按照合同约定支付款项。
- 另一方面，如果合同中约定了甲方在发现质量问题时有权暂停付款或要求乙方进行整改，并且甲方在合理期限内提出了异议，那么甲方有权根据合同约定暂停付款，直至问题得到解决。
法律规定的适用：
- 根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，如果绿化工程存在质量问题，且该问题影响了工程的使用功能或安全性能，甲方有权要求乙方承担修复、重做、减少报酬或赔偿损失等违约责任。
- 然而，如果甲方已经投入使用，且未在合理期限内提出质量问题，可能被视为对工程质量的认可或接受，从而丧失了要求乙方承担违约责任的权利。但这并非绝对，具体还需根据实际情况和法律规定来判断。
实际履行情况的影响：
- 在实际履行过程中，如果甲方已经投入使用绿化工程，但随后发现质量问题，应尽快与乙方沟通并协商解决方案。如果乙方同意进行修复或整改，并且甲方同意继续支付款项（可能扣除部分费用作为质量保证金），那么双方可以达成和解。
- 如果乙方拒绝修复或整改，或者甲方认为质量问题严重到无法接受，甲方可以考虑通过法律途径解决争议，如提起诉讼或申请仲裁。但在此过程中，甲方需要承担举证责任，证明工程存在质量问题以及该问题是由乙方造成的。
建议：
- 对于甲方而言，在投入使用绿化工程前，应确保工程已经通过验收并符合合同约定的质量标准。如果发现质量问题，应及时与乙方沟通并协商解决方案，避免问题扩大化。
- 对于乙方而言，应严格按照合同约定的质量标准进行施工，并在工程完工后积极配合甲方进行验收。如果甲方提出质量问题，应及时进行修复或整改，以维护自身信誉和避免法律纠纷。
可能后果：
- 如果甲方未经合理程序擅自拒绝付款，可能构成违约行为，需要承担违约责任，如支付违约金或赔偿乙方因此遭受的损失。
- 如果乙方施工的绿化工程确实存在质量问题，且甲方能够证明该问题是由乙方造成的，乙方可能需要承担修复、重做、减少报酬或赔偿损失等违约责任。
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