若发现员工工资是老板的非法收入，员工可采取以下措施，且不同主体有不同的处理方式与责任：

1. 员工角度

   • 保留证据：员工应尽可能收集与工资发放相关的证据，如工资条、银行转账记录、劳动合同、工作记录等，这些证据能够证明自己与老板之间的劳动关系以及工资的具体情况。同时，若知晓老板非法收入的来源或相关线索，也应一并保留，例如老板从事非法活动的交易记录、聊天记录等。
   • 向相关部门举报：员工可以向当地的劳动监察部门举报老板拖欠工资或工资来源非法的情况。劳动监察部门有权对用人单位的劳动用工情况进行监督检查，对于违反劳动法律法规的行为进行查处。此外，如果老板的非法收入涉及其他违法犯罪行为，如贪污受贿、偷税漏税、非法经营等，员工还可以向公安机关、税务机关等相关部门进行举报。
   • 申请劳动仲裁或提起诉讼：如果老板以非法收入发放工资导致拖欠员工工资，员工可以依据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求老板支付拖欠的工资及相应的经济补偿。如果对仲裁结果不服，还可以在规定的时间内向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，员工需要提供充分的证据来支持自己的主张。

2. 老板角度

   • 法律责任：老板使用非法收入发放工资的行为，可能涉及多种违法犯罪行为。如果非法收入是通过贪污、受贿、盗窃、诈骗等犯罪手段获取的，老板将面临相应的刑事处罚，如有期徒刑、罚金等。同时，以非法收入发放工资也违反了劳动法律法规，劳动行政部门可以责令老板限期支付劳动者的工资报酬，并可责令支付赔偿金。
   • 补救措施：老板应立即停止使用非法收入发放工资的行为，积极配合相关部门的调查和处理。如果已经拖欠员工工资，应及时补发工资，并与员工协商解决因工资问题产生的纠纷。同时，老板应主动向相关部门说明非法收入的来源和情况，争取从轻或减轻处罚。

3. 公司角度（若存在公司主体）

   • 连带责任：如果老板的行为代表公司，且公司从中获利或存在过错，公司可能需要承担连带责任。例如，公司使用老板的非法收入进行经营活动，导致员工工资无法正常发放，公司应当与老板共同承担支付员工工资的责任。
   • 内部整改：公司应加强内部管理，建立健全财务制度和监督机制，防止老板或其他管理人员利用公司资源进行违法犯罪活动。同时，公司应积极配合相关部门的调查和处理，对存在的问题进行整改，以避免类似情况的再次发生。