关于旷工三天自离处理扣几天工资是否违法的问题，结论前置如下：

1. 若公司规章制度明确、合法且经过公示或员工同意，并遵循法律规定扣除限额，则可能合法；
2. 若公司没有合法有效的规章制度作为依据，或扣除方式违反了法律规定，则直接扣三天工资通常是不合法的。

详细分析如下：

一、法律规定角度

根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可要求赔偿，并从工资中扣除，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后剩余工资低于当地月最低工资标准，则需按最低工资标准支付。旷工作为违反劳动纪律的行为，用人单位有权进行管理和惩戒，但直接扣三天工资往往超出了法律规定的合理扣除范围。

二、劳动合同与规章制度方面

1. 规章制度合法且明确：

   • 用人单位在劳动合同或规章制度中规定旷工扣三天工资时，该条款需满足合法性要求，即经过民主程序制定、向劳动者公示告知，且不违反法律法规的强制性规定。
   • 若规章制度满足上述条件，且内容合理（如旷工一天扣一天工资），则公司可按照此规定执行。但若规定旷工三天扣除一个月工资等明显不合理且不合法的条款，则可能违反工资支付应当足额的原则。

2. 规章制度不合法或不明确：

   • 若用人单位没有相关合法有效的规章制度，或规章制度中未对旷工三天的工资扣除作出明确规定，则用人单位不能随意扣除劳动者的工资。
   • 在这种情况下，劳动者提供了劳动的部分有权获得相应报酬。对于旷工的三天，用人单位可以不支付工资，但不能额外扣除其他正常出勤天数的工资。

三、特殊情况处理

在特定情况下，如果劳动者旷工行为确实给用人单位造成了实际且明确的重大经济损失，并且用人单位能够充分举证证明损失金额，那么用人单位有权要求劳动者赔偿损失，并从工资中合理扣除相应款项。但这种扣除仍需遵循法律规定，即每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，并确保扣除后剩余工资不低于当地月最低工资标准。

四、综合判断与建议

1. 对于劳动者：

   • 如果遇到用人单位以旷工为由扣三天工资的情况，应先查看用人单位的规章制度或劳动合同中是否有相关规定，并评估其合法性。
   • 如果认为自身权益受到侵害，可以与用人单位协商解决；协商不成时，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

2. 对于用人单位：

   • 在制定规章制度时，应确保其内容合法、合理，并严格按照法律规定执行。
   • 在处理旷工问题时，应确保扣款行为的合法性和合理性，避免侵犯劳动者的合法权益。

举例说明：

假设某劳动者月工资为5000元，当地月最低工资标准为2000元。若该劳动者旷工三天，用人单位规章制度规定旷工一天扣一天工资，则用人单位应扣除该劳动者1500元（5000元/30天*3天*100%，但实际执行中可能按日工资计算，即5000元/21.75天*3天，此处为简化计算）。若规章制度规定旷工三天扣一个月工资，则这种扣除方式明显不合理且不合法，因为扣除后劳动者剩余工资将低于最低工资标准。

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