结论：旷工三天自离后，单位以此为由拒绝支付工资是不合法的。劳动者有权要求用人单位按照实际工作天数支付应得的工资。
法律背景与依据：
工资支付原则：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这明确了无论何种原因离职，包括旷工三天自离，单位都应支付劳动者已工作期间的工资。
实际工资的计算与支付：
- 劳动者在自离前实际提供了劳动的，用人单位应当按照劳动者实际出勤天数和双方约定的工资标准支付相应的劳动报酬。例如，若员工月工资为6000元，按每月21.75天的计薪天数计算，日工资约为275.86元。若该员工在自离前实际出勤了10天，则用人单位应支付其约2758.6元的工资。
旷工期间的工资扣除：
- 虽然用人单位可以依法扣除劳动者旷工期间的工资，但扣除标准通常按照劳动合同或公司规章制度中的约定执行，且不得违反法律法规。如公司规定旷工一天扣除两倍日工资，则旷工三天扣除六倍日工资，但扣除后剩余工资不能低于当地最低工资标准。
经济损失的赔偿：
- 如果劳动者的旷工行为给用人单位造成了经济损失，用人单位有权要求劳动者赔偿。但赔偿金额需根据实际情况具体评估，并确保合理性。同时，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
法律建议与维权途径：
与用人单位协商：
- 劳动者应首先尝试与用人单位进行友好协商，明确表明虽然存在旷工自离的情况，但依法仍有权获得已工作天数的劳动报酬。在协商过程中，劳动者应清晰、诚实地说明自身情况和诉求，争取与用人单位达成和解。
向劳动监察部门投诉：
- 若协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门进行投诉。投诉时需准备好相关证据，如劳动合同、工资条、考勤记录等，以证明自己在单位的工作情况以及旷工的具体情况。劳动监察部门接到投诉后，会介入调查并督促单位履行支付工资的义务。
申请劳动仲裁：
- 如果劳动监察部门无法解决问题，劳动者可以申请劳动仲裁。申请前需准备好证明劳动关系存在、工作时间和工作量等材料，如劳动合同、工资条、工作证、考勤记录、工作记录、项目文档、同事证言等。撰写劳动仲裁申请书，明确写明自己的基本信息、用人单位的基本信息、仲裁请求（即要求用人单位支付拖欠的工资）、事实和理由等内容。向劳动合同履行地或者用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请及相关材料，并参与仲裁过程，陈述自己的主张和理由，提供相关证据。
提起诉讼：
- 如果对劳动仲裁的结果不满意，劳动者可以在规定的时间内向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，需要遵循民事诉讼的程序和规则，向法院提交起诉状、证据等材料，并参加庭审。
可能法律后果：
- 若用人单位坚持不支付工资，可能面临劳动监察部门的处罚，包括责令限期支付工资报酬、加付赔偿金等。
- 在劳动仲裁或诉讼中，若用人单位被判定需支付工资，但拒不执行，还可能面临法院的强制执行措施，如冻结银行账户、查封财产等。
综上所述，旷工三天自离后单位不给工资是不合法的行为。劳动者在维护自身权益时，应采取合法途径并准备好相关证据，以确保自己的合法权益得到有效保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。