结论：关于“土地纠纷中，第三方在知情情况下还种了烟是否违法”的问题，这主要取决于土地纠纷的具体性质、土地的使用权归属以及第三方的行为是否违反了相关法律法规。以下从几个不同角度进行分析：
土地使用权归属明确，且第三方无权使用：
- 如果土地纠纷已经明确界定了土地的使用权归属，且第三方在知情的情况下仍然在该土地上种植烟草，这很可能构成对土地使用权人的侵权。根据《中华人民共和国民法典》中关于物权保护的规定，土地使用权人有权要求第三方停止侵害、恢复原状，并可能要求赔偿损失。
- 此外，如果种植烟草的行为还违反了当地关于土地使用的具体规定（如禁止在特定类型土地上种植烟草等），那么第三方还可能面临行政处罚。
土地纠纷尚未解决，使用权归属不明：
- 在土地纠纷尚未解决，土地使用权归属不明确的情况下，第三方的行为可能更加复杂。如果第三方认为自己对土地有使用权或基于某种合理理由（如历史使用习惯、口头协议等）而种植烟草，这可能不直接构成违法，但仍然可能引发进一步的法律纠纷。
- 在这种情况下，建议各方先通过协商、调解或诉讼等方式解决土地纠纷，明确土地使用权归属，再根据结果处理种植烟草的问题。
第三方行为是否违反其他法律法规：
- 除了土地使用权问题外，还需要考虑第三方的种植行为是否违反了其他相关法律法规。例如，如果种植烟草需要特定的许可证或违反了环保、农业等相关规定，那么第三方可能因此面临行政处罚或刑事责任。
法律建议：
- 对于土地使用权人来说，如果发现第三方在知情情况下仍然在自己的土地上种植烟草，应首先收集证据（如照片、视频、证人证言等），然后与第三方进行协商，要求其停止侵害并恢复原状。如果协商无果，可以考虑通过法律途径解决纠纷。
- 对于第三方来说，在种植烟草前应充分了解土地的使用权归属和相关法律法规，避免因为无知或疏忽而引发法律纠纷。如果确实对土地有使用权或基于某种合理理由而种植烟草，应保留好相关证据以备不时之需。
可能后果：
- 如果第三方的行为被认定为违法或侵权，可能面临停止侵害、恢复原状、赔偿损失等民事责任；同时还可能因违反相关法律法规而面临行政处罚或刑事责任。
总之，在处理这类问题时，建议各方保持冷静和理性，通过合法途径解决纠纷，以维护自己的合法权益。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。