结论：土地纠纷中，若一方三年未上诉且现在又开始耕种，是否违法需根据具体情况判断，包括土地权属、纠纷处理结果及耕种行为是否侵犯他人权益等因素。以下是对此问题的详细分析：
一、土地权属与纠纷处理
土地权属明确：
- 若土地权属明确，且原纠纷已通过法律途径解决，如法院判决或仲裁裁决，确定了土地的使用权或所有权归属，那么耕种行为是否违法将取决于该判决或裁决的内容。
- 如果判决或裁决明确禁止某方耕种，而该方仍坚持耕种，则可能构成违法，侵犯了另一方的合法权益。
土地权属不明或纠纷未解决：
- 若土地权属存在争议，或原纠纷尚未通过法律途径解决，那么耕种行为可能涉及侵权。
- 在这种情况下，耕种方可能因未经合法授权而耕种他人土地，构成对土地权利人的侵权。
二、耕种行为是否侵犯他人权益
未侵犯他人权益：
- 如果耕种行为并未侵犯他人的土地使用权或所有权，例如，在土地权属无争议且耕种方有权耕种的情况下，那么耕种行为是合法的。
侵犯他人权益：
- 如果耕种行为侵犯了他人的土地使用权或所有权，例如，在土地权属有争议或耕种方无权耕种的情况下，那么耕种行为可能构成违法。
- 在这种情况下，受侵犯方有权要求耕种方停止侵权行为，并可能通过法律途径追究其法律责任。
三、法律后果与建议
法律后果：
- 如果耕种行为被认定为违法，耕种方可能面临停止侵权、赔偿损失等法律责任。
- 在严重情况下，如耕种行为构成犯罪（如非法占用农用地罪），耕种方还可能面临刑事处罚。
建议：
- 确认土地权属：首先，应确认土地的权属情况，包括查阅相关土地登记资料、询问当地土地管理部门等。
- 协商解决：如果土地权属存在争议或原纠纷尚未解决，建议双方通过协商方式解决争议，避免矛盾升级。
- 法律途径：如果协商无果，受侵犯方可以通过法律途径维护自己的合法权益，如向法院提起诉讼或申请仲裁等。
- 遵守法律：无论土地权属如何，耕种方都应遵守相关法律法规，不得侵犯他人的土地使用权或所有权。
举例说明：假设甲和乙因一块农村土地的使用权发生纠纷，甲认为乙无权耕种该土地并提起了诉讼。但在诉讼过程中，甲因故未出庭或未按时提交证据，导致法院判决乙有权耕种该土地。三年后，甲认为判决不公且乙的耕种行为侵犯了其权益，但此时甲若想通过法律途径解决争议，需重新提起诉讼或申请再审等。若甲未采取任何法律行动且乙一直合法耕种该土地，那么甲现在若强行耕种则可能构成违法。
特殊场景提醒：在农村土地纠纷中，由于历史原因和地方政策差异，土地权属和纠纷处理可能更为复杂。因此，在处理此类纠纷时，建议咨询当地土地管理部门或专业律师以获取更准确的法律意见和帮助。
行动建议：如果您面临类似的土地纠纷问题，且不确定如何处理，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。