结论：在劳动合同中约定由县级仲裁委管辖，但实际该地区只有市级仲裁委员会的情况下，该管辖约定可能因无法找到对应的仲裁机构而被视为无效，此时应依据法定管辖原则来确定仲裁机构。

分析说明：

1. 管辖约定的有效性：

   • 劳动合同中双方可以约定劳动争议的管辖仲裁机构，但这一约定必须明确且具体，且该仲裁机构必须实际存在。
   • 若约定的县级仲裁委在该地区并不存在，只有市级仲裁委员会，则该管辖约定因无法找到对应的仲裁机构而可能被视为无效。

2. 法定管辖原则：

   • 当管辖约定无效时，应依据法定管辖原则来确定仲裁机构。
   • 根据《劳动争议调解仲裁法》的相关规定，劳动争议由劳动合同履行地或者用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会管辖。双方当事人分别向劳动合同履行地和用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁的，由劳动合同履行地的劳动争议仲裁委员会管辖。

3. 实际操作建议：

   • 在此情况下，劳动者或用人单位应首先确认劳动合同中约定的仲裁机构是否实际存在。
   • 若不存在，则应根据法定管辖原则，选择向劳动合同履行地或用人单位所在地的市级劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
   • 为避免类似纠纷，建议在劳动合同中明确约定有效的仲裁机构，或直接约定由法定管辖的仲裁机构管辖。

后续行动建议：

• 若您已面临此类纠纷，且对如何确定仲裁机构或如何申请仲裁存在疑问，建议直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律指导和建议。
• 在处理劳动争议时，务必保留好相关证据，如劳动合同、工资单、工作证等，以便在仲裁或诉讼过程中证明自己的权益。