若公司已经支付赔偿后发现员工简历造假，公司仍有权采取法律措施维护自身权益，具体处理方式需结合造假内容、公司损失及双方协议综合判断。以下是详细分析：

1. 公司可主张“欺诈”撤销赔偿协议

若员工简历造假行为直接影响公司决定支付赔偿（如虚构工作年限、学历等关键信息导致赔偿金额计算错误），公司可依据《民法典》第148条主张员工构成欺诈，要求撤销赔偿协议并追回已支付款项。
关键点：

• 需证明造假内容与赔偿金额直接相关（如虚构的工龄导致经济补偿金增加）；
  
• 需在知道或应当知道撤销事由之日起1年内行使撤销权（逾期可能丧失权利）。

2. 公司可依据规章制度追究员工责任

若公司规章制度明确规定“简历造假属于严重违纪行为”，且员工入职时已签字确认，公司可依据《劳动合同法》第39条以“严重违反规章制度”为由解除劳动合同（即使已支付赔偿），并要求员工赔偿因造假给公司造成的直接损失（如招聘成本、培训费用等）。
关键点：

• 规章制度需经民主程序制定并公示；
  
• 损失赔偿需以实际发生且合理为前提（如提供发票、合同等证据）。

3. 若赔偿与造假无关，公司可能难以追回款项

若赔偿是基于其他合法事由（如协商一致解除劳动合同的经济补偿，且造假内容未影响赔偿金额计算），公司可能难以主张撤销协议或追回款项。此时，公司仍可依据规章制度对员工进行纪律处分（如警告、降职等），但无法直接追偿赔偿。

4. 实务建议

• 立即固定证据：收集员工简历、入职材料、赔偿协议、公司规章制度及员工签字确认记录等证据；
  
• 评估损失：核算因造假导致的直接经济损失（如多支付的赔偿金、招聘成本等）；
  
• 选择策略：根据证据充分性及损失大小，决定是主张撤销协议、追究违纪责任，还是通过协商解决；
  
• 完善流程：未来可在离职协议中增加“员工承诺简历真实，否则公司有权追偿”条款，降低风险。

总结：公司发现简历造假后，需结合造假内容、赔偿依据及规章制度综合判断处理方式。若证据充分且损失明确，可通过法律途径追偿；若证据不足或赔偿与造假无关，则需权衡成本与收益后决定是否进一步行动。如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我会结合证据为您制定详细方案。