结论：有仲裁条款的情况下，一被告应诉而另一被告缺席，通常不能排除仲裁管辖。仲裁条款的效力一般及于所有签署方，除非存在特定法定情形导致仲裁协议无效或无法执行。以下从不同角度详细分析：

1. 仲裁条款的效力范围

• 核心规则：仲裁条款是合同双方（或多方）约定将争议提交仲裁解决的书面协议，其效力通常及于所有签署方。根据《中华人民共和国仲裁法》第十六条，仲裁协议需具备“请求仲裁的意思表示”“仲裁事项”“选定的仲裁委员会”三要素，一旦成立，对签署方具有法律约束力。
• 多被告场景：若合同中包含仲裁条款，且所有被告均为合同签署方（如共同借款人、担保人等），则仲裁条款对全体被告有效。即使部分被告缺席，仲裁庭仍有权依据仲裁条款行使管辖权，缺席被告可能被视为放弃抗辩权，仲裁程序可继续进行。

2. 缺席被告的抗辩权

• 程序权利：缺席被告虽未参与仲裁程序，但仍有权在仲裁裁决作出后，依据《仲裁法》第五十八条提出撤销仲裁裁决的申请（如裁决存在“无仲裁协议”“超出仲裁范围”“程序违法”等情形）。但“缺席”本身不构成排除仲裁管辖的法定理由。
• 实体权利：若缺席被告认为仲裁条款无效（如未签字、被胁迫等），需在仲裁首次开庭前提出异议（《仲裁法》第二十条）。逾期未提出且参与仲裁的，视为接受仲裁管辖。

3. 例外情形：仲裁协议无效或无法执行

• 法定无效情形：根据《仲裁法》第十七条，若仲裁协议存在“约定的仲裁事项超出法律规定的范围”“无民事行为能力人订立”“一方采取胁迫手段”等情形，则仲裁协议无效，此时任何被告均可主张排除仲裁管辖。
• 无法执行情形：若仲裁庭组成或仲裁程序违反法定程序（《仲裁法》第五十八条），或裁决违背社会公共利益，法院可裁定不予执行。但此类情形需通过司法审查程序主张，与“缺席”无直接关联。

4. 实务建议

• 对原告：若部分被告缺席，可继续推进仲裁程序，但需确保仲裁条款对所有被告有效，并留存合同原件、送达记录等证据，以应对可能的管辖权异议。
• 对缺席被告：若认为仲裁条款无效或仲裁程序违法，应及时委托律师提出异议或申请撤销裁决，避免丧失救济权利。
• 对所有当事人：仲裁具有“一裁终局”特性，建议在签署合同前审慎评估仲裁条款的利弊，并在争议发生后积极应诉，避免因缺席导致不利后果。

总结：仲裁条款的效力不因部分被告缺席而自动失效，除非存在法定无效或无法执行情形。若您面临此类纠纷，建议提供具体合同条款及案件细节，以便进一步分析仲裁管辖的合法性及应对策略。