结论：公司因困难扣减员工工资百分之二十的行为，通常是不合法的。员工有权要求公司补发被扣减的工资，并可通过协商、投诉或法律途径维护自身权益。
分析说明：
工资扣减的合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。公司因经营困难而扣减员工工资，并非法定允许的扣减情形，因此，这种行为通常是不合法的。
员工权益保护：
- 员工有权要求公司按照劳动合同约定的工资标准支付工资。如果公司扣减了工资，员工可以首先与公司进行协商，要求补发被扣减的工资。
- 如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉，寻求行政部门的帮助来维护自己的合法权益。
- 在必要时，员工还可以通过法律途径，如提起劳动仲裁或诉讼，来要求公司支付被扣减的工资及可能的赔偿。
特殊情况下的工资扣减：
- 尽管一般情况下公司不得扣减员工工资，但在某些特殊情况下，如员工因个人原因给公司造成经济损失，公司可以按照劳动合同的约定要求员工赔偿经济损失，并从其工资中扣除。然而，这种扣减也需遵循一定的法律程序和限制，如每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。但此情况并不适用于公司因经营困难而扣减工资的情形。
行动建议：
- 与公司协商：首先尝试与公司进行友好协商，明确表达你的诉求，要求公司补发被扣减的工资。
- 投诉至劳动监察部门：如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉，提供相关证据（如工资条、劳动合同等），寻求行政部门的帮助。
- 考虑法律途径：在必要时，可以咨询专业律师（即我，李文宇律师，专注于离婚、工伤赔偿领域，但同样具备处理劳动工伤问题的能力），了解提起劳动仲裁或诉讼的具体流程和可能的结果，以维护自己的合法权益。
后续思考：
- 在处理此类问题时，员工应保留好相关证据，如工资条、劳动合同、公司扣减工资的通知等，以便在需要时证明自己的权益。
- 同时，员工也应了解自己的法律权益和维权途径，以便在遭遇不公时能够及时采取行动。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。