结论前置：在违法分包的情况下，劳动者要求确认与用工主体单位存在劳动关系，法院不予受理的法律依据主要基于劳动关系认定的实质性标准以及相关司法解释的规定。以下从不同角度进行详细分析：
劳动关系认定的实质性标准：
- 劳动关系的建立，通常要求双方存在直接的、实际的用工关系，即劳动者为用人单位提供劳动，用人单位支付劳动报酬，并接受用人单位的管理和指挥。在违法分包的情况下，虽然用工主体单位可能涉及违法分包行为，但劳动者实际并未直接为用工主体单位提供劳动，而是为分包方或实际施工人工作。
- 根据《劳动和社会保障部关于确立劳动关系有关事项的通知》第一条的规定，用人单位招用劳动者未订立书面劳动合同，但同时具备下列情形的，劳动关系成立：（一）用人单位和劳动者符合法律、法规规定的主体资格；（二）用人单位依法制定的各项劳动规章制度适用于劳动者，劳动者受用人单位的劳动管理，从事用人单位安排的有报酬的劳动；（三）劳动者提供的劳动是用人单位业务的组成部分。在违法分包的情况下，这些条件往往难以同时满足。
相关司法解释的规定：
- 根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》等相关司法解释，对于违法分包、转包等情形下劳动者与用工主体单位之间的劳动关系认定，通常持谨慎态度。法院在审理此类案件时，会重点审查劳动者与用工主体单位之间是否存在实际的用工关系，以及用工主体单位是否对劳动者进行了实际的管理和指挥。
- 在实践中，如果劳动者仅因违法分包行为而主张与用工主体单位存在劳动关系，但无法提供充分证据证明双方存在实际的用工关系和管理关系，法院往往会驳回其诉讼请求。
劳动者权益保护途径：
- 虽然法院可能不予受理劳动者要求确认与用工主体单位存在劳动关系的诉讼请求，但劳动者并不因此失去权益保护途径。劳动者可以依据《劳动合同法》等相关法律法规，向分包方或实际施工人主张劳动报酬、工伤赔偿等权益。
- 同时，如果用工主体单位存在违法分包行为，劳动者还可以向相关部门举报，要求对用工主体单位的违法行为进行查处，并可能因此获得相应的赔偿或补偿。
法律建议：
- 对于劳动者而言，在面临违法分包情况时，应首先收集并保存好与分包方或实际施工人之间的用工证据，如工资支付记录、工作证、考勤记录等，以便在主张权益时提供有力支持。
- 如果劳动者认为用工主体单位存在违法行为，且该行为损害了其合法权益，可以向当地劳动监察部门举报或投诉，要求对用工主体单位的违法行为进行查处。
- 在必要时，劳动者可以寻求专业律师的帮助，通过法律途径维护自己的合法权益。
可能法律后果：
- 如果劳动者无法提供充分证据证明与用工主体单位存在劳动关系，且法院不予受理其诉讼请求，劳动者可能面临无法直接向用工主体单位主张劳动报酬、工伤赔偿等权益的风险。
- 但劳动者仍可以通过其他途径（如向分包方或实际施工人主张权益、向相关部门举报等）来维护自己的合法权益。