结论：公司因你叫同事帮忙写请假条而罚你两千块钱是否合法，需根据具体情况判断，若公司规章制度中明确规定了此类行为的处罚措施，且该制度合法有效并已向你告知，同时罚款金额在合理范围内，则公司的处罚可能是合法的；反之，则可能不合法。以下从不同角度进行分析：
一、公司规章制度的角度
规章制度的内容：
- 公司规章制度中应明确规定员工的行为规范及相应的处罚措施。若规章制度中明确指出，员工不得让他人代写请假条，且对此类行为有具体的罚款规定，则公司有权依据此规定进行处罚。
规章制度的合法性：
- 规章制度必须合法有效，即其制定程序需符合法律法规的规定，且内容不得违反法律法规的强制性规定。若规章制度本身违法或制定程序不合法，则不能作为处罚员工的依据。
规章制度的告知：
- 公司需将规章制度向员工进行告知，确保员工了解并遵守。若公司未将规章制度告知你，或你未签署确认已知晓该制度，则公司不能依据此制度对你进行处罚。
二、罚款金额的合理性
罚款上限：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。虽然此规定主要针对经济损失赔偿，但罚款作为处罚措施，其金额也应合理，不应过高。
罚款与违规行为的匹配性：
- 罚款金额应与违规行为的严重程度相匹配。若你叫同事帮忙写请假条的行为并未给公司造成重大损失或影响，且属于初犯，则公司罚款两千元可能显得过高，不合理。
三、你的权益保护
与公司沟通：
- 你可以首先与公司进行沟通，了解罚款的具体依据和理由，以及公司规章制度中关于此类行为的规定。若你认为公司的处罚不合理或违法，可以向公司提出异议。
申请劳动仲裁：
- 若与公司沟通无果，你可以向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，要求撤销公司的处罚决定或要求公司退还罚款。在申请劳动仲裁时，你需要提供相关证据，如公司规章制度、罚款通知、工资条等，以证明公司的处罚不合理或违法。
寻求法律援助：
- 若你对劳动仲裁结果不满意或认为劳动仲裁程序复杂，可以寻求法律援助或咨询专业律师，以获取更专业的法律建议和帮助。
建议：在处理此类问题时，建议你先仔细审查公司的规章制度，了解其中关于此类行为的规定及处罚措施。同时，保留好相关证据，如请假条、罚款通知、工资条等，以便在需要时提供证明。若你对公司的处罚有异议，可以及时与公司沟通或寻求法律援助。有问题可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。