员工在工作中给别的公司罚款两万元，这一行为是否合法，需分情况讨论：

1. 员工无权罚款：

   • 一般情况下，员工个人并不具备对其他公司进行罚款的权力。罚款通常是由具有法定权限的行政机关或司法机关根据相关法律法规作出的行政处罚或司法判决。员工若擅自对其他公司进行罚款，可能构成违法行为，如敲诈勒索、侵犯财产权等，需要承担相应的法律责任。

2. 员工代表公司行使权力：

   • 如果员工是代表其所在公司，且该公司根据与被罚款公司之间的合同、协议或相关法律法规，有权对被罚款公司进行罚款（例如，因被罚款公司违反合同约定或法律法规而需支付的违约金或罚款），则这一行为可能是合法的。但即便如此，罚款的金额、方式等也需严格遵循合同约定或法律法规的规定，否则仍可能构成违法。
   • 具体分析：在这种情况下，员工只是作为公司的代表执行罚款决定，其行为的合法性取决于公司是否具有罚款权以及罚款决定是否合法。如果公司无权罚款或罚款决定违法，员工仍可能因执行该决定而承担法律责任。

3. 可能涉及的法律后果：

   • 如果员工擅自对其他公司进行罚款，且该行为被认定为违法，员工可能面临民事赔偿、行政处罚甚至刑事处罚等法律后果。民事赔偿可能包括返还非法所得、赔偿损失等；行政处罚可能包括罚款、没收违法所得等；刑事处罚则可能涉及有期徒刑、罚金等。

建议：

• 对于员工而言，应明确自己的权限范围，不得擅自对其他公司进行罚款。如果认为其他公司存在违法行为或违约行为，应通过合法途径解决，如向相关部门举报、提起诉讼等。
• 对于公司而言，应建立健全内部管理制度，明确员工在对外交往中的权限和责任，避免员工因擅自行为而给公司带来法律风险。

总结：员工在工作中给别的公司罚款两万元是否合法，取决于员工是否具有罚款权以及罚款决定是否合法。一般情况下，员工个人无权对其他公司进行罚款。如有相关需求，应通过合法途径解决。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。