员工在单位犯错，公司直接罚款在一般情况下是不合法的，但在特定情形下，用人单位有权要求赔偿或从工资中合理扣除，不过需严格遵循法律规定与程序。以下是对此问题的详细分析：
一、不合法的一般情况
自2008年《企业职工奖惩条例》废止后，企业直接对劳动者进行罚款失去了直接的法律依据。根据现行法律，用人单位并不具备对劳动者直接罚款的权利。罚款作为一种行政处罚措施，其执行主体通常为特定的行政机关或司法机关，而非企业等民事主体。因此，在大多数情况下，公司因员工犯错而直接罚款是不合法的。
二、可能合法的特殊情形
尽管直接罚款不合法，但在某些特定情况下，用人单位可以依法要求员工承担经济赔偿责任，或从工资中合理扣除部分金额：
劳动合同或规章制度的明确规定：
- 若用人单位在与劳动者签订的劳动合同中，或在依法制定的规章制度中明确规定了犯错情形的经济责任，且该约定或规定不违反法律法规的强制性规定，也不显失公平，那么当劳动者出现这些特定犯错情形时，用人单位可以要求劳动者承担相应的经济赔偿责任。
- 关键点：规章制度的制定必须经过民主程序（如职工代表大会讨论通过）和公示程序（向全体劳动者公示或告知），确保员工知晓并同意。
劳动者给用人单位造成经济损失：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，若劳动者本人原因给用人单位造成了经济损失，用人单位可以按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。
- 扣除限额：经济损失的赔偿可以从劳动者的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则应按最低工资标准支付。
三、非法罚款的法律后果与维权途径
- 法律后果：如果企业无正当理由扣发员工工资或进行非法罚款，员工有权向劳动监察大队投诉，也可以向劳动仲裁委员会申请仲裁。对裁决结果不服的，还可以向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。
- 维权途径：劳动者若认为用人单位的罚款或扣款行为不合法，首先可以尝试与用人单位协商解决；协商不成时，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
四、建议与注意事项
- 用人单位：在实施任何形式的扣款或赔偿要求时，应确保其行为符合法律法规，避免侵犯劳动者的合法权益。建议通过绩效考核、培训教育等非物质手段进行纠偏管理，而非直接罚款。
- 劳动者：应了解自己的合法权益，若遇到非法罚款或扣款行为，应勇敢维权。同时，在工作中也应遵守规章制度，避免因个人原因给用人单位造成经济损失。
示例说明：假设某员工因疏忽大意导致公司设备损坏，公司根据规章制度要求其赔偿经济损失。若该员工月工资为5000元，公司每月最多只能从其工资中扣除1000元（即20%）作为赔偿，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。若公司直接罚款2000元，则属于非法罚款行为。
总之，员工在单位犯错时，公司直接罚款在大多数情况下是不合法的。但在特定情形下，用人单位可以依法要求员工承担经济赔偿责任或从工资中合理扣除部分金额。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。