结论：合同中同时约定扣除保证金、赔偿违约金和实际损失，在法律上并不当然被禁止，但具体是否公平合理以及能否同时适用，需结合合同条款的具体内容、违约情形及实际损失情况等因素综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、法律原则与规定
意思自治原则：合同是当事人之间意思表示一致的产物，只要合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，就应当尊重当事人的约定。因此，合同中同时约定保证金、违约金和实际损失赔偿，从原则上讲，是当事人意思自治的体现。
违约金与实际损失赔偿的关系：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。但约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。这表明，违约金与实际损失赔偿在功能上具有一定的重叠性，但法律并未禁止两者同时约定，只是对违约金的数额进行了限制，以防止其过分高于实际损失。
保证金的作用：保证金通常作为合同履行的一种担保方式，当一方违约时，另一方有权扣除保证金以弥补损失或作为违约惩罚。保证金与违约金、实际损失赔偿在目的上可能有所重叠，但具体是否重叠需看合同条款的具体约定。
二、公平合理性的判断
合同条款的明确性：合同中应明确约定保证金、违约金和实际损失赔偿的具体数额或计算方法，以及它们之间的适用关系。如果合同条款模糊不清，容易导致争议和误解，从而影响公平合理性的判断。
违约情形的严重性：违约情形的严重性也是判断公平合理性的重要因素。如果违约行为轻微，但合同中约定的保证金、违约金和实际损失赔偿数额过高，显然对违约方不公平。
实际损失的大小：实际损失的大小是判断违约金和实际损失赔偿是否合理的重要依据。如果合同中约定的违约金和实际损失赔偿数额远高于实际损失，也可能被认为不公平。
三、能否同时适用的分析
合同条款有明确约定：如果合同中明确约定了保证金、违约金和实际损失赔偿可以同时适用，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么应当尊重当事人的约定，可以同时适用。
合同条款无明确约定或约定不明：如果合同中未明确约定保证金、违约金和实际损失赔偿是否可以同时适用，或者约定不明，那么需要根据违约情形、实际损失大小以及公平合理原则进行综合判断。在这种情况下，如果同时适用会导致对违约方的不公平惩罚，或者远高于实际损失，那么可能不被支持。
四、建议
在签订合同时：应明确约定保证金、违约金和实际损失赔偿的具体数额或计算方法，以及它们之间的适用关系，以避免后续争议。
在发生违约时：应根据合同条款的具体内容、违约情形及实际损失情况等因素综合判断保证金、违约金和实际损失赔偿是否可以同时适用，以及适用的数额是否合理。
在争议解决时：如果双方对保证金、违约金和实际损失赔偿的适用存在争议，可以寻求法律途径解决，由人民法院或仲裁机构根据具体情况进行裁决。
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