结论：交通项目在获初步设计批复后才进行地质勘查工作并更改隧道出口位置，这一行为是否合法，需结合具体情况判断，但通常来说，若更改符合相关法规、设计规范及批复要求，且履行了必要程序，则是合法的；反之，则可能不合法。以下从不同角度进行分析：
一、合法性分析的角度
法规与规范要求：
- 交通项目的建设需严格遵守国家及地方的相关法律法规，如《公路法》、《铁路法》以及相关的建设管理条例等。
- 地质勘查是交通项目建设中的重要环节，其目的在于确保工程设计的科学性和安全性。若初步设计批复后才发现地质条件与预期不符，需要进行地质勘查以调整设计方案，这是符合工程建设常规流程的。
- 更改隧道出口位置属于设计变更，需依据相关法规和设计规范进行，确保变更后的设计仍然满足安全、环保、经济等要求。
批复文件的约束力：
- 初步设计批复是交通项目建设的重要依据，它明确了项目的建设规模、标准、路线走向等关键要素。
- 若更改隧道出口位置属于对初步设计批复内容的重大变更，通常需要重新获得相关部门的批复或同意，以确保变更的合法性和合规性。
程序合规性：
- 在进行地质勘查和更改隧道出口位置前，应履行必要的程序，如组织专家论证、进行环境影响评价、获得相关部门的许可等。
- 这些程序旨在确保变更的合理性、可行性和安全性，避免对周边环境和公众利益造成不良影响。
二、可能存在的风险与后果
合规风险：
- 若未履行必要的程序或未获得相关部门的批复而擅自更改隧道出口位置，可能面临合规风险，如被责令停工、罚款等。
安全风险：
- 地质条件复杂多变，若未经充分的地质勘查就更改隧道出口位置，可能引发安全隐患，如隧道塌方、渗水等。
经济风险：
- 擅自更改设计可能导致工程成本增加、工期延误等经济风险，给项目建设单位带来不必要的损失。
三、建议与措施
加强前期地质勘查：
- 在交通项目初步设计阶段，应充分进行地质勘查工作，确保设计方案的准确性和可行性。
严格履行变更程序：
- 若因地质条件变化等原因需要更改隧道出口位置等设计内容，应严格履行变更程序，获得相关部门的批复或同意。
加强监管与执法：
- 相关部门应加强对交通项目建设的监管力度，确保项目建设单位严格遵守相关法规和规范要求，对违法行为进行及时查处。
总结来说，交通项目在获初步设计批复后才进行地质勘查工作并更改隧道出口位置，其合法性取决于是否符合相关法规、设计规范及批复要求，以及是否履行了必要的程序。若您在交通项目建设过程中遇到相关法律问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见。