在申请行政复议期间，是否可以继续施工需分情况讨论，具体取决于变更设计是否已取得合法许可及行政复议的具体内容。以下从不同角度展开分析：

1. 若车库出入口设计变更已取得合法行政许可，仅对许可程序或部分内容申请复议
   根据《行政复议法》第二十一条，行政复议期间具体行政行为原则上不停止执行，但存在例外情形（如被申请人认为需要停止执行、复议机关认为需要停止执行、申请人申请停止执行且复议机关认为其要求合理、法律规定停止执行）。若变更设计已通过规划、住建等部门审批并取得施工许可，即使申请复议，施工行为通常可继续，除非复议机关或原审批机关明确要求暂停。

2. 若设计变更未取得合法许可，或复议申请直接针对许可合法性
   若变更设计未通过审批即擅自施工，属于违法建设行为。此时申请行政复议不能成为继续施工的合法依据，行政机关有权依据《城乡规划法》《建筑法》等要求立即停工，并可能处以罚款、限期拆除等处罚。即使复议程序启动，违法状态仍需纠正，施工方需承担法律风险。

3. 复议机关或原审批机关主动要求暂停施工的情形
   若复议机关认为继续施工可能损害公共利益、他人合法权益，或导致复议决定难以执行，可依职权或依申请作出《停止执行通知书》。此时必须立即停工，否则可能面临强制执行措施（如查封施工现场、扣押施工设备等）。

建议行动步骤：

1. 核查设计变更是否已取得完整的行政许可文件（如规划许可证、施工许可证）；
   
2. 若许可齐全，向复议机关提交书面意见，说明继续施工的合理性及必要性，争取维持执行；
   
3. 若许可存在瑕疵或未取得，立即暂停施工，配合行政机关调查，避免处罚升级；
   
4. 同步准备复议材料（如许可申请文件、审批流程证据、设计合理性说明等），从程序合法性、实体合理性角度主张权利。
   

风险提示：行政复议期间擅自施工可能被认定为“拒不执行行政决定”，导致复议机关作出不利裁决，甚至引发行政诉讼。建议根据具体许可状态和复议内容，谨慎评估法律风险后再决策。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作方案。