关于“遵循公司的规章制度入职三个月缴纳社保是否合法”的问题，结论是：一般情况下，公司要求员工入职三个月后才缴纳社保的做法是不合法的。以下从多个角度进行详细分析：

一、法律规定

根据《中华人民共和国社会保险法》第五十八条的规定：“用人单位应当自用工之日起三十日内为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。未办理社会保险登记的，由社会保险经办机构核定其应当缴纳的社会保险费。”这意味着，公司必须在员工入职后的三十天内为其办理社保登记并缴纳社保费用，而不是等到三个月后才进行。

二、公司规章制度的效力

虽然公司可以制定规章制度来管理员工，但这些规章制度必须符合国家法律法规的规定。如果公司的规章制度与法律法规相抵触，那么该规章制度是无效的。因此，即使公司规章制度中规定了入职三个月后才缴纳社保，这一规定也是不合法的，对员工不具有约束力。

三、可能的法律后果

如果公司未按照法律规定为员工缴纳社保，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。劳动监察部门或劳动仲裁机构会依法责令公司补缴社保费用，并可能对公司处以罚款等行政处罚。此外，员工还有权以公司未依法缴纳社保为由解除劳动合同，并要求公司支付经济补偿。

四、特殊情况说明

当然，也存在一些特殊情况，比如员工与公司协商一致，同意在入职三个月后再缴纳社保。但这种情况需要双方签订书面协议，并明确约定相关条款。即使如此，这种协议也可能因为违反法律法规的强制性规定而被认定为无效。因此，建议员工在签订此类协议时要谨慎考虑，并咨询专业律师的意见。

五、建议与行动

1. 对于员工：如果公司要求你入职三个月后才缴纳社保，你可以明确告知公司这一做法是不合法的，并要求公司按照法律规定为你缴纳社保。如果公司拒绝改正，你可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
2. 对于公司：建议公司遵守国家法律法规的规定，及时为员工缴纳社保费用。这不仅是公司的法定义务，也是维护员工权益、构建和谐劳动关系的重要举措。

综上所述，公司要求员工入职三个月后才缴纳社保的做法一般是不合法的。如果你遇到类似问题或有其他法律疑问，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见和帮助。