结论：员工在发出合法异议函后，公司倒查考勤并查出异常，员工应首先确认异议函的合法性及考勤异常的具体情况，再根据实际情况采取相应的应对措施。

详细分析：

1. 确认异议函的合法性：

   • 员工发出的异议函应当基于合法、合理的事由，如公司存在违法行为、侵犯员工权益等。
   • 异议函的内容应当明确、具体，并附有相关证据或理由支持。
   • 如果异议函本身存在违法或不合理之处，公司可能会以此为由对员工进行不利处理。因此，员工在发出异议函前应确保其合法性。

2. 了解考勤异常的具体情况：

   • 员工应仔细核对公司查出的考勤异常记录，确认是否存在误记、漏记或故意歪曲的情况。
   • 如果考勤异常记录确实存在错误，员工应及时向公司提出更正申请，并提供相关证据支持。
   • 如果考勤异常记录属实，员工应思考是否存在合理的解释或原因，如因公外出、请假未获批等，并准备相应的证据或说明。

3. 应对公司的处理措施：

   • 如果公司以考勤异常为由对员工进行处罚：
     • 员工应首先了解公司的规章制度中关于考勤异常的处理规定。
     • 如果公司的处罚措施违反了法律法规或规章制度，员工可以向公司提出异议，并要求撤销或改正处罚决定。
     • 如果公司坚持处罚决定，员工可以考虑通过劳动仲裁或诉讼等法律途径维护自己的权益。
   • 如果公司以考勤异常为由解除劳动合同：
     • 员工应仔细审查公司解除劳动合同的理由和程序是否合法。
     • 根据《劳动合同法》的相关规定，公司解除劳动合同应当符合法定条件，并遵循法定程序。
     • 如果公司解除劳动合同的行为违法，员工可以要求公司继续履行劳动合同或支付赔偿金等。

4. 法律建议：

   • 员工在发出异议函前，应充分了解相关法律法规和公司的规章制度，确保异议函的合法性和合理性。
   • 在面对公司倒查考勤并查出异常的情况时，员工应保持冷静，仔细核对考勤记录，并准备相应的证据或说明。
   • 如果公司采取的处理措施违法或不合理，员工应及时向公司提出异议，并考虑通过法律途径维护自己的权益。

后续行动建议：

• 员工可以与公司的人力资源部门或法务部门进行沟通，了解公司对考勤异常的具体处理政策和程序。
• 如果员工认为公司的处理措施违法或不合理，且无法与公司达成一致意见，可以考虑向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
• 在整个过程中，员工应保留好相关证据和文件，以备不时之需。

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