结论：能否打赢官司，取决于您能否充分证明对方扣款行为缺乏合法依据或合同约定，以及您是否已按合同约定完成工程义务。以下从不同角度为您详细分析：

一、从合同约定角度分析

1. 合同中有明确约定代工扣款条款

   • 若合同中明确约定了代工扣款的具体情形、计算方式及程序，且对方能够证明您存在符合扣款条件的违约行为（如工程质量不达标、工期延误等），则对方扣款行为可能具有合法性，您起诉要求支付全部工程款可能难以得到支持。
   • 建议：仔细审查合同条款，确认扣款条件是否成就，以及对方是否按照合同约定程序进行了扣款。若对方扣款行为存在瑕疵（如未提前通知、未提供扣款明细等），您可主张扣款无效。

2. 合同中未约定代工扣款条款

   • 若合同中未约定代工扣款相关内容，对方擅自扣款则缺乏合法依据，您有权要求对方支付剩余工程款，并可能主张对方承担违约责任（如支付违约金、赔偿损失等）。
   • 建议：收集合同文本、工程验收单、结算单等证据，证明您已按合同约定完成工程义务，对方扣款行为无合同依据。

二、从实际履行情况角度分析

1. 您已按合同约定完成工程义务

   • 若您能够证明已按合同约定完成工程，且工程质量符合约定标准，对方无正当理由扣款，则您起诉要求支付剩余工程款胜诉概率较高。
   • 建议：提供工程验收报告、结算单、付款记录等证据，证明您已履行合同义务，对方扣款行为缺乏合理性。

2. 您存在违约行为，但扣款金额不合理

   • 若您确实存在违约行为（如工程质量问题、工期延误等），但对方扣款金额明显高于实际损失或合同约定标准，您可主张调整扣款金额。
   • 建议：收集证据证明对方扣款金额不合理（如提供维修费用发票、工期延误损失计算依据等），并请求法院根据实际情况调整扣款金额。

三、从法律程序角度分析

1. 起诉前准备

   • 在起诉前，建议您先与对方协商，尝试通过友好方式解决纠纷。若协商无果，再考虑通过法律途径解决。
   • 建议：收集并整理相关证据材料（如合同、验收报告、结算单、付款记录、沟通记录等），并撰写起诉状，明确诉讼请求及事实理由。

2. 诉讼过程中注意事项

   • 在诉讼过程中，您需积极举证，证明对方扣款行为缺乏合法依据或合同约定，以及您已按合同约定完成工程义务。
   • 建议：委托专业律师代理诉讼，利用律师的专业知识和经验，提高诉讼效率及胜诉概率。

四、可能面临的法律后果

1. 若您胜诉

   • 法院将判决对方支付剩余工程款及可能产生的违约金、赔偿金等，并承担诉讼费用。

2. 若您败诉

   • 法院将驳回您的诉讼请求，您需承担诉讼费用，并可能面临对方提出的反诉请求（如要求您承担违约责任等）。

最后，能否打赢官司取决于多种因素，包括合同约定、实际履行情况、证据充分性等。建议您在起诉前充分评估风险，并咨询专业律师意见。若您有进一步的问题或需要法律帮助，请直接向我咨询。