当公司克扣工资，员工申请仲裁时，可以按照以下步骤和内容来撰写仲裁申请书，以有效维护自己的合法权益：
一、仲裁申请书的基本结构
标题：明确写为“拖欠克扣工资劳动仲裁申请书”。
申请人信息：
- 姓名、性别、出生日期、住址、身份证号码、联系电话等基本信息。
- 如有代理人，需增加代理人信息。
被申请人信息：
- 单位名称、住所地、法定代表人姓名及职务、联系电话等。
二、仲裁请求
- 请求裁决被申请人支付拖欠的工资：明确写出拖欠的具体月份和金额。
- 请求裁决被申请人支付因克扣工资而产生的经济补偿金：根据相关法律法规，计算并写出应支付的经济补偿金金额，或注明按照法律规定标准计算。
- 其他相关请求：如补缴社会保险、支付加班费等，根据实际情况填写。
三、事实与理由
入职情况：
- 说明入职日期、工作岗位、双方约定的工资数额及发放形式、发放时间等。
拖欠克扣工资事实：
- 拖欠工资：详细列出自何时起，被申请人累计拖欠哪些月份的工资，共计多少金额。
- 克扣工资：说明在何时段内，被申请人在未经同意的情况下擅自从工资中扣除哪些项目及金额，共计多少。
- 沟通情况：简述与被申请人沟通无果的情况，以证明已尝试通过协商解决问题。
法律依据：
- 引用《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规，说明被申请人的行为违反了哪些法律规定，侵害了申请人的哪些合法权益。
四、证据清单
列出所有支持仲裁请求的证据材料，包括但不限于：
- 劳动合同：证明劳动关系及工资约定。
- 工资条、银行流水：证明工资发放情况及拖欠、克扣事实。
- 考勤记录：证明工作出勤情况，与加班费等请求相关。
- 沟通记录：如邮件、短信、聊天记录等，证明与被申请人协商无果的事实。
- 其他相关证据：如社保缴纳记录、工作证、同事证言等，根据实际情况提供。
五、撰写与提交时的注意事项
- 确保信息真实：申请书中的所有信息必须真实准确，避免虚假或误导性内容，否则可能承担法律责任。
- 逻辑清晰：内容应条理清晰，逻辑严密，便于仲裁委员会理解案件事实和请求依据。
- 证据充分：提供充分的证据来支持仲裁请求，提高胜诉可能性。证据应真实、合法、有效，且与案件事实相关联。
- 遵守时效规定：注意劳动仲裁的申请时效，一般为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。确保在规定时间内提出申请，以免丧失维权机会。
- 提交方式：将准备好的仲裁申请书和证据材料一式多份（一般根据被申请人数量+1准备）提交给选定的劳动仲裁委员会。部分地区支持网上立案，可登录当地劳动仲裁委指定的线上平台，按照指引上传相关材料进行申请。
六、仲裁流程简介
- 受理：劳动仲裁委员会收到申请后，会在5日内进行审查。符合受理条件的，会予以受理并向申请人送达受理通知书。
- 开庭：仲裁委受理后，会在开庭前将仲裁申请书副本送达被申请人，并通知双方开庭时间、地点等信息。双方需按时参加庭审，如实陈述事实并出示证据。
- 裁决：仲裁庭在审理结束后，会根据查明的事实和相关法律规定作出裁决。裁决结果会以仲裁裁决书的形式送达双方当事人。
- 执行：若用人单位对裁决结果不履行，劳动者可在规定期限内向法院申请强制执行，以维护自身合法权益并获得应得的工资赔偿。
示例模板（部分内容需根据实际情况填写）：
拖欠克扣工资劳动仲裁申请书
申请人：[申请人全名]，[性别]，[出生日期]，住[详细居住地址]，身份证号码：[身份证号]，联系电话：[电话号码]。
被申请人：[公司全称]，住所地[公司注册地址]，法定代表人[法人姓名]，职务[法人职务]，联系电话：[公司电话]。
仲裁请求：
- 请求裁决被申请人支付拖欠的工资共计[具体金额]元；
- 请求裁决被申请人支付因克扣工资而产生的经济补偿金共计[具体金额]元（或按照法律规定标准计算）；
- 请求裁决被申请人为申请人补缴[具体时间段]的社会保险；
- 请求裁决被申请人承担本案的全部仲裁费用。
事实与理由：
申请人于[入职日期]与被申请人签订劳动合同，担任[工作岗位]，双方约定工资为[具体数额或计算方式]，工资发放形式为[银行转账等]，发放时间为每月[具体日期]。自[开始月份]起，被申请人累计拖欠申请人[具体月份]的工资共计[具体金额]元。同时，在[具体时间段]内，被申请人在未经同意的情况下擅自从工资中扣除[具体项目及金额]共计[具体金额]元。申请人多次与被申请人沟通无果，为维护自身合法权益，特向贵委申请仲裁。
证据清单：
- 劳动合同；
- 工资条、银行流水；
- 考勤记录；
- 沟通记录（邮件、短信、聊天记录等）；
- 其他相关证据。
此致
[具体市/县]劳动人事争议仲裁委员会
申请人：[申请人签名]
日期：[提交日期]
希望以上内容能对你有所帮助。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。