结论：员工在公司违反劳动法并投诉后，回复公司“依法办事”是可以的，这体现了员工要求公司遵守法律法规的正当诉求。不过，具体如何回应以及后续行动，还需根据实际情况来细致考虑。
分析说明：
员工权利与诉求：
- 员工有权要求公司遵守劳动法律法规，保障其合法权益。当公司存在违法行为时，员工有权进行投诉或采取其他合法手段维护自己的权益。
- 回复公司“依法办事”是员工表达其诉求的一种合理方式，它明确传达了员工希望公司按照法律规定行事的信息。
协商过程中的注意事项：
- 在协商过程中，员工应保持冷静和理性，避免情绪化的回应。可以明确指出公司存在的违法行为，并提出具体的整改要求或补偿方案。
- 同时，员工也应了解自己的法律权益和可能的法律后果，以便在协商中做出明智的决策。例如，如果公司提出不合理的解决方案，员工可以拒绝并寻求法律援助。
后续行动建议：
- 如果公司愿意依法解决问题，员工可以与公司进一步协商，达成和解协议，并确保协议内容得到切实履行。
- 如果公司拒绝依法解决问题或协商无果，员工可以考虑向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。在此过程中，员工应保留好相关证据，如工资单、工作合同、投诉记录等，以便在需要时提供证明。
特殊场景：
- 如果员工担心直接回复“依法办事”可能引发公司的反感或报复，可以选择更加委婉或具体的表达方式。例如，员工可以说：“我希望公司能够重视我的投诉，并按照相关法律法规进行处理，以保障我的合法权益。”这样的表达既体现了员工的诉求，又避免了过于直接或尖锐的言辞。
行动建议与法律后果：
- 行动建议：员工在回复公司时，应明确自己的立场和诉求，同时保持冷静和理性。如果可能的话，可以寻求法律援助或咨询专业律师，以便更好地了解自己的法律权益和可能的法律后果。
- 法律后果：如果公司存在违法行为且拒绝改正，员工通过合法手段维护自己的权益是受到法律保护的。相反，如果员工采取过激或非法的手段进行维权，可能会面临法律责任。因此，员工在维权过程中应遵守法律法规，理性表达诉求。
总结与引导：
员工在公司违反劳动法并投诉后回复“依法办事”是合理的，但具体回应方式和后续行动需根据实际情况来考虑。如果你在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律帮助。