合同中存在灭失员工合法权益的条款，即便有员工签字确认，该条款也不具有法律效应。以下从不同角度进行分析：

1. 法律原则角度：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同的订立应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。合同中灭失员工合法权益的条款，显然违反了合法和公平的原则，因此这样的条款是无效的。

2. 条款内容角度：

   • 如果合同中的条款剥夺了员工应享有的基本权益，如最低工资标准、工作时间、休息休假、社会保险等，这些条款是违法的，无论员工是否签字确认，都不具有法律效力。员工有权要求用人单位按照法定标准履行义务。

3. 签字确认的法律效果角度：

   • 员工签字确认合同，通常表示其同意合同中的内容。但是，这种同意并不意味着员工放弃了所有法定权益。对于违法或显失公平的条款，员工仍然可以主张其无效。签字确认不能成为用人单位逃避法律责任的依据。

4. 实际案例角度：

   • 在实践中，已经有多起案例表明，即使员工在合同上签字确认了某些不利条款，但当这些条款违反法律法规或显失公平时，法院仍然会判决这些条款无效，并保护员工的合法权益。

建议：

• 对于员工而言，如果发现合同中存在灭失自己合法权益的条款，应及时与用人单位沟通协商，要求修改或删除这些条款。如果协商无果，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
• 对于用人单位而言，应严格遵守法律法规，确保劳动合同的合法性和公平性。避免在合同中设置违法或显失公平的条款，以免引发法律纠纷和不必要的损失。

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