合同员工签字后不认，合同不一定无效，需视具体情况而定。以下从不同角度进行分析：
一、合同效力的一般原则
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自双方当事人签字或者盖章时合同成立。依法成立的合同，自成立时生效，对当事人具有法律约束力。这意味着，一旦合同被双方签字确认，即具有法律效力，除非存在法定无效情形。
二、员工不承认合同效力的可能情形及处理
口头否认但无证据：
- 若员工仅口头否认合同效力，却无法提供证据证明签字违背自身意愿或合同存在无效情况，合同依旧有效。
- 处理建议：公司应保留好合同原件及相关证据，如合同签订记录、证人证言等，以证明合同的真实性和有效性。
合同存在无效情形：
- 根据法律规定，以下合同无效：用欺诈、胁迫手段或乘人之危，让对方违背真实意愿订立或变更的；用人单位免除自身法定责任、排除劳动者权利的；违反法律法规强制性规定的。
- 处理建议：若员工能证明合同存在上述无效情形，可向仲裁机构或法院申请确认合同无效。公司则需准备充分证据反驳员工的指控，如提供合同签订过程的监控录像、证人证言等。
笔迹鉴定：
- 若员工对合同上的签字提出异议，认为非本人所签，公司可申请笔迹鉴定以确定签字的真实性。
- 处理建议：公司应积极配合笔迹鉴定工作，并提供必要的协助和证据。若鉴定结果确认签字为员工本人所签，则合同有效。
三、公司应对策略
准备充分证据：
- 公司应保留好劳动合同文本原件及相关证据，如员工入职登记表、工资支付记录、考勤记录等，以证明双方存在劳动关系及相关权利义务。
在仲裁程序中清晰阐述事实：
- 公司应按照仲裁委的要求和程序进行答辩，详细阐述签订劳动合同的过程、时间、地点等情况，说明合同内容是双方真实意思表示。
针对性反驳员工理由：
- 若员工提出否认合同的理由，公司应针对性反驳。如员工称签字系伪造，公司可申请笔迹鉴定；若员工以未实际履行合同为由否认，公司可用实际工作安排、成果交付等证据回应。
举例说明：假设某员工与公司签订了劳动合同，但工作一段时间后对合同部分条款不满，遂口头声称自己不承认这份劳动合同。然而，该员工无法提供证据证明签字非本人意愿或合同存在无效情形。在此情况下，根据法律规定，该劳动合同依然有效，员工需按照合同约定履行自己的义务。
特别提醒：合同纠纷涉及复杂的法律问题，建议公司在处理此类纠纷时咨询专业律师（即我本人，吴勇波律师，专注于刑事辩护、合同纠纷领域），以确保自身合法权益得到充分维护。若您有任何法律问题，可以直接向我咨询。