结论：被告在原告胜诉后，若认为实际借款人应为公司，能否另行起诉公司需分情况讨论，具体如下：

1. 若借款合同明确约定借款人为公司，且公司为实际用款人

   • 法律分析：在此情况下，被告可能并非实际借款人，而是基于某种原因（如职务行为、代理行为等）代公司借款。若被告能提供充分证据证明借款行为系公司授权或职务行为，且借款实际用于公司经营，那么被告在承担还款责任后，有权依据《民法典》中关于无因管理或不当得利的规定，向公司追偿。此外，若借款合同上明确载明借款人为公司，被告仅为签字人或经办人，被告可直接主张合同相对方为公司，从而免除自身还款责任（但需以法院重新审理并认定合同主体为准）。
   • 建议行动：被告应收集借款合同、公司授权文件、借款用途证明（如转账记录、公司财务记录等）等证据，向法院提起诉讼，要求确认借款合同主体为公司，并免除自身还款责任或追偿已还款项。

2. 若借款合同未明确约定借款人为公司，但被告能证明借款实际用于公司

   • 法律分析：即使借款合同未明确约定借款人为公司，若被告能证明借款实际用于公司经营，且公司从中受益，根据《民法典》中关于公平原则和权利义务一致性的规定，被告在承担还款责任后，仍有权向公司追偿。但需注意，此情况下被告需承担较重的举证责任，需证明借款与公司经营之间的直接关联。
   • 建议行动：被告应收集借款用途证明、公司受益证明（如公司财务报表、利润分配记录等）等证据，向法院提起诉讼，要求公司承担还款责任或分担还款义务。

3. 若被告无法证明借款与公司有关，或借款合同明确约定借款人为被告个人

   • 法律分析：在此情况下，被告作为借款合同明确约定的借款人，需承担还款责任。即使借款实际用于公司，若被告无法证明公司为实际借款人或受益人，被告仍需个人承担还款责任。被告在承担还款责任后，若认为公司应承担部分或全部责任，需基于其他法律关系（如与公司之间的内部协议、投资关系等）另行主张权利。
   • 建议行动：被告应首先履行还款义务，避免因拒不还款而面临法律制裁。若认为公司应承担责任，可收集与公司之间的内部协议、投资记录等证据，另行向公司主张权利。

额外提醒：在处理此类纠纷时，被告应特别注意证据的收集和保存。证据是证明案件事实的关键，缺乏充分证据可能导致被告承担不利的法律后果。因此，建议被告在借款时即明确借款主体和用途，并保留相关证据，以避免后续纠纷。

后续思考依据：若被告对借款合同主体、借款用途或公司责任存在疑问，或需要进一步了解如何收集证据、提起诉讼等具体操作流程，可直接向我咨询。我将根据具体情况提供详细的法律建议和操作指导。