结论：被公司记大过并扣款1000元是否违法，需结合具体情况判断，包括公司规章制度是否合法、扣款是否超出法定限额、是否遵循法定程序等。以下从不同角度详细分析：
一、公司规章制度合法性
规章制度制定程序：
- 根据《劳动合同法》第四条，公司规章制度需经职工代表大会或全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或职工代表平等协商确定。若公司未履行此程序，规章制度可能无效。
- 举例：若公司未召开职工代表大会讨论记大过和扣款制度，直接实施，则该制度可能因程序违法而无效。
规章制度内容合法性：
- 规章制度内容不得违反法律、行政法规及政策规定，不得侵犯劳动者合法权益。若记大过和扣款制度违反上述原则，如扣款金额过高，则可能违法。
- 举例：若公司规定扣款金额超过劳动者当月工资的20%，则违反《工资支付暂行规定》第十六条，属于违法。
二、扣款是否超出法定限额
法定扣款限额：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 计算公式：若劳动者月工资为W元，则每月最多扣款金额为\(W \times 20\%\)，且扣除后工资不低于当地最低工资标准。
扣款1000元是否合法：
- 若劳动者月工资低于5000元（以20%计算），则扣款1000元可能超出法定限额。
- 举例：若劳动者月工资为4000元，则每月最多扣款800元（\(4000 \times 20\%\)），扣款1000元则违法。
三、是否遵循法定程序
事先告知义务：
- 公司应在记大过和扣款前告知劳动者相关制度及依据，确保劳动者知情权。
- 举例：若公司未事先告知劳动者记大过和扣款制度，直接实施扣款，则可能侵犯劳动者知情权。
听取劳动者申辩：
- 公司应给予劳动者申辩机会，听取其意见后再作出决定。
- 举例：若公司未听取劳动者申辩，直接记大过并扣款，则可能违反法定程序。
四、建议与后续行动
核实公司规章制度：
- 劳动者可要求公司出示相关规章制度，核实其制定程序和内容是否合法。
计算扣款是否合法：
- 劳动者可根据自身月工资和扣款金额，计算扣款是否超出法定限额。
与公司协商或投诉：
- 若发现公司行为违法，劳动者可与公司协商解决，或向当地劳动监察部门投诉。
寻求法律援助：
- 若问题复杂或协商无果，劳动者可咨询专业律师，寻求法律援助。
总结：被公司记大过并扣款1000元是否违法，需结合公司规章制度合法性、扣款是否超出法定限额、是否遵循法定程序等因素综合判断。劳动者应核实相关情况，必要时寻求法律援助。如有具体法律问题，可直接向我咨询。