结论：在劳动关系存在争议且仲裁以时效为由不受理的情况下，劳动关系的认定用于补缴社保，通常可以通过向法院提起诉讼或向劳动行政部门投诉的方式来进行。

详细分析：

1. 向法院提起诉讼：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。虽然仲裁机构可能以时效为由不受理，但法院在审理劳动争议案件时，会全面审查案件事实，包括劳动关系的存在与否。
   • 操作流程：你可以准备相关证据材料，如工资单、工作证、考勤记录等，以证明你与用人单位之间存在劳动关系，并向法院提起诉讼，要求确认劳动关系并补缴社保。
   • 注意事项：在提起诉讼前，建议咨询专业律师，以确保你的诉求得到充分支持，并了解诉讼过程中的可能风险和应对策略。

2. 向劳动行政部门投诉：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国社会保险法》的相关规定，用人单位和劳动者必须依法参加社会保险，缴纳社会保险费。如果用人单位未依法缴纳，劳动者有权向劳动行政部门投诉。
   • 操作流程：你可以向当地劳动监察部门投诉，提供相关证据材料，如劳动合同、工资单等，以证明你与用人单位之间存在劳动关系，并要求劳动行政部门责令用人单位补缴社保。
   • 注意事项：在投诉过程中，要保持与劳动行政部门的沟通，及时提供补充材料，并关注投诉的处理进度。如果劳动行政部门未依法处理，你可以考虑进一步采取法律措施。

额外建议：

• 保留证据：在处理劳动关系争议和补缴社保的过程中，保留好所有相关证据材料至关重要。这些证据将有助于证明你与用人单位之间存在劳动关系，以及用人单位未依法缴纳社保的事实。
• 咨询专业律师：由于劳动争议案件涉及复杂的法律关系和程序，建议你在处理过程中咨询专业律师。律师将能够为你提供专业的法律意见，帮助你更好地维护自己的合法权益。

可能遇到的法律后果：

• 如果法院或劳动行政部门最终认定你与用人单位之间存在劳动关系，并责令用人单位补缴社保，用人单位应当依法执行。如果用人单位拒不执行，可能会面临法律制裁，如罚款、强制执行等。
• 如果法院或劳动行政部门认为你与用人单位之间不存在劳动关系，或者你的诉求已超过法定时效，那么你的补缴社保请求可能会被驳回。在这种情况下，你可以考虑是否还有其他法律途径可供选择，如申请再审或寻求其他救济方式。

希望以上分析能够对你有所帮助。如果你有任何进一步的问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。