企业收到不明款项，若对方推说不知情或不是他们员工所为，企业应当采取以下措施来应对：

1. 核实款项来源与性质：

   • 企业首先应详细审查银行流水、交易记录等，确认该笔款项的具体来源、金额、交易时间等信息。
   • 尝试联系付款方，通过正式渠道（如邮件、书面函件）询问款项的具体用途和背景，要求对方提供明确的解释和证据。

2. 评估法律风险与责任：

   • 若款项为误转：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，因他人没有法律根据，取得不当利益，受损失的人有权请求其返还不当利益。企业应与付款方协商，要求其及时撤回或确认款项归属，避免不必要的法律纠纷。
   • 若款项涉及诈骗或非法活动：企业应立即报警，并配合警方调查。同时，企业应保留所有相关证据，如交易记录、沟通记录等，以备后续法律程序使用。在此情况下，企业可能因未尽到合理的审查义务而承担一定的法律责任，但具体责任需根据案件事实和法律规定综合判断。
   • 若对方否认员工所为但无法提供合理解释：企业应考虑是否存在内部管理漏洞或外部欺诈风险。此时，企业应加强内部管理，完善财务审批流程，防止类似事件再次发生。同时，企业也可以考虑通过法律途径追究付款方的责任，要求其承担因错误付款给企业造成的损失。

3. 采取应对措施与保护自身权益：

   • 与付款方协商：在确认款项性质后，企业应与付款方进行友好协商，寻求妥善解决方案。如款项为误转，应要求对方及时撤回；如涉及诈骗或非法活动，应要求对方配合调查并承担相应责任。
   • 寻求法律援助：若协商无果或对方拒绝配合，企业应及时咨询专业律师（如我，董飞律师，专注于股权转让、刑事辩护领域），了解自身权益和可能的法律途径。律师将根据案件事实和法律规定，为企业提供专业的法律意见和解决方案。
   • 采取法律行动：在必要时，企业可以通过法律途径追究付款方的责任，如提起民事诉讼或申请仲裁等。在此过程中，企业应积极配合律师的工作，提供必要的证据和资料，以维护自身合法权益。

4. 加强内部管理与风险防范：

   • 企业应建立健全的财务管理制度，加强财务审批和监控流程，确保每一笔交易都有明确的记录和审批。
   • 定期对员工进行法律培训，提高员工的法律意识和风险防范能力，防止因员工疏忽或故意行为导致的法律风险。
   • 加强对外部合作伙伴的审查和管理，确保与信誉良好的企业或个人进行合作，降低合作风险。

总结来说，企业在收到不明款项时，应首先核实款项来源与性质，评估法律风险与责任，然后采取相应的应对措施与保护自身权益。同时，企业还应加强内部管理与风险防范，以避免类似事件的再次发生。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。