结论：员工违法后主动辞职，单位能否追究其责任，需根据违法行为的性质、造成的后果以及单位的具体损失情况来综合判断。一般来说，如果员工的违法行为给单位造成了实际损失，单位有权在员工辞职后追究其相应的法律责任。

分析角度一：违法行为的性质与后果

1. 轻微违法行为：如果员工的违法行为较为轻微，未给单位造成实际损失或影响较小，单位可能难以直接追究其法律责任。但单位可以依据内部规章制度对员工进行纪律处分，如警告、罚款等（需确保规章制度合法且已向员工公示）。

2. 严重违法行为：若员工的违法行为严重，如贪污、受贿、泄露商业秘密等，且给单位造成了重大损失，单位不仅可以在员工在职期间追究其责任，即使员工主动辞职，单位仍有权通过法律途径（如提起民事诉讼）要求员工赔偿损失。

分析角度二：单位的具体损失情况

1. 直接经济损失：如果员工的违法行为直接导致了单位的经济损失，如财产被盗、合同违约造成的赔偿等，单位有权要求员工赔偿这部分损失。赔偿金额通常根据实际损失来确定，可能包括直接损失和间接损失（如因违约导致的预期利益损失）。

2. 间接经济损失与商誉损害：除了直接经济损失外，员工的违法行为还可能对单位的商誉造成损害，影响单位的业务发展和客户关系。虽然这部分损失难以精确量化，但单位在必要时可以通过法律途径寻求一定的补偿或要求员工承担相应的法律责任。

分析角度三：法律程序与证据收集

1. 法律程序：单位在追究员工责任时，需遵循法律程序，如先通过内部调查确认事实，然后与员工协商赔偿事宜；若协商无果，再考虑通过法律途径解决。在法律程序中，单位需提供充分的证据来支持其主张。

2. 证据收集：为了成功追究员工的责任，单位需要收集并保存好相关证据，如员工的违法行为记录、造成的损失证明、内部规章制度等。这些证据将在法律程序中发挥关键作用。

建议：

• 对于单位而言，一旦发现员工有违法行为，应立即进行调查并收集证据，以便在必要时追究其责任。
• 单位应完善内部规章制度，明确员工的职责和禁止行为，以及违反规定的后果，从而在法律上占据有利地位。
• 如果员工的违法行为给单位造成了重大损失，单位应及时咨询专业律师，了解具体的法律程序和赔偿标准，以便更好地维护自身权益。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。