针对您提出的问题“在企业上班后，企业不承认员工函授大专学历会怎么办”，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，员工在入职时应当如实填写自己的学历信息，这是基于诚实信用原则的基本要求。如果员工在入职时虚报了学历，而企业后来发现这一情况，并且该学历是岗位录用条件中的重要因素，那么企业有权根据《劳动合同法》的相关规定，在试用期内以员工不符合录用条件为由解除劳动合同，且无需支付经济补偿。

然而，就您所描述的情况而言，如果员工确实拥有函授大专学历，但企业不承认这一学历，我们需要分情况讨论：

1. 如果企业在招聘时并未明确要求全日制学历：

   • 在这种情况下，企业不承认员工的函授大专学历可能缺乏合理的依据。函授学历作为国家承认的学历形式之一，应当被视为有效的学历证明。如果员工能够提供相应的学历证书或学信网上的学历验证信息，企业应当予以认可。
   • 如果企业仍然坚持不承认，员工可以与企业进行沟通协商，寻求解决方案。如果协商无果，员工可以考虑向劳动争议调解仲裁机构申请调解或仲裁，以维护自己的合法权益。

2. 如果企业在招聘时明确要求了全日制学历：

   • 在这种情况下，如果员工提供的是函授大专学历，确实可能不符合企业的录用条件。但即便如此，企业也应当在入职前就明确告知员工这一要求，并在员工入职时进行严格的学历审核。
   • 如果企业未能在入职前明确告知或未进行严格的学历审核，而在员工入职后才提出不承认函授学历，这种做法可能缺乏合理性和公平性。员工同样可以与企业进行沟通协商，或寻求劳动争议调解仲裁机构的帮助。

3. 关于企业不承认学历后的处理建议：

   • 沟通协商：首先，员工应当与企业进行积极的沟通协商，了解企业不承认学历的具体原因，并尝试提供相关的学历证明材料以消除企业的疑虑。
   • 寻求法律援助：如果沟通协商无果，员工可以咨询专业的劳动法律师或劳动争议调解仲裁机构，了解自己的权益和可能的维权途径。
   • 申请调解或仲裁：在必要时，员工可以向劳动争议调解仲裁机构申请调解或仲裁，以维护自己的合法权益。在申请调解或仲裁时，员工需要提供相关的证据材料，如学历证书、学信网验证信息、劳动合同等。

综上所述，企业在不承认员工函授大专学历时，需要基于合理、公平和合法的原则进行处理。员工也应当积极维护自己的合法权益，通过沟通协商、寻求法律援助或申请调解仲裁等途径来解决问题。