机关单位查岗时不在岗，需根据具体情况采取不同处理方式，以下分情况说明：

1. 若因正当理由不在岗
   如因执行公务、参加会议、培训、休假、病假等合法事由不在岗，应及时向单位说明情况，并提供相关证明材料（如会议通知、请假条、医疗证明等）。根据《公务员法》及相关内部管理制度，单位通常会根据实际情况予以核实，若查证属实，一般不会追究责任。但需注意，请假或外出需提前履行审批手续，否则可能因程序瑕疵被认定为缺勤。

2. 若因无故缺勤或擅自离岗
   若未履行请假手续且无正当理由不在岗，可能构成违反工作纪律。根据《公务员法》第八十八条及单位内部考勤制度，单位可依据情节轻重采取以下措施：

   • 批评教育：对首次或情节轻微者进行口头或书面警告；
     
   • 扣减绩效或奖金：根据单位规定扣除相应待遇；
     
   • 纪律处分：情节严重者可能面临警告、记过、降级等处分，甚至影响职务晋升或评优资格；
     
   • 解除合同：对于长期旷工或严重违反纪律者，单位可依据《劳动合同法》或《公务员法》解除聘用关系或辞退。

3. 若因不可抗力或紧急情况无法到岗
   如因突发疾病、交通事故等不可抗力导致无法及时到岗，应第一时间向单位报告，并在事后补交证明材料。单位通常会根据实际情况予以谅解，但需注意，及时沟通是关键，若未及时报告可能被认定为缺勤。

建议：

• 日常工作中严格遵守考勤制度，外出或请假提前履行审批手续；
  
• 若因特殊情况无法到岗，务必保留相关证据（如医疗记录、事故证明等）并及时向单位说明；
  
• 对单位处理结果有异议的，可依据《公务员法》第九十五条或单位内部申诉程序提出复核或申诉。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的应对策略。