确认劳动关系争议超过时效并不影响实体权利的审判，这一结论主要基于以下法律依据和分析：

1. 时效制度与实体权利的关系：

   • 时效制度，特别是劳动争议的仲裁时效，主要是为了促使当事人及时行使权利，维护法律关系的稳定性和可预测性。它并不直接决定实体权利的存在与否，而是对权利行使的时间进行限制。
   • 实体权利，如确认劳动关系的权利，是劳动者基于与用人单位之间的法律关系而享有的基本权利。这种权利的存在不依赖于时效的经过，而是基于事实和法律的规定。

2. 相关法律依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条：“劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。”这一条款规定了劳动争议的仲裁时效，但并未说明超过时效即丧失实体权利。
   • 在司法实践中，即使确认劳动关系的争议超过了仲裁时效，法院或仲裁机构仍可能根据事实和法律对劳动关系进行确认。这是因为确认劳动关系不仅涉及当事人的权益，还可能影响社会保险、工伤赔偿等一系列后续问题的处理。

3. 司法实践中的处理：

   • 在处理确认劳动关系争议时，法院或仲裁机构会综合考虑多种因素，如双方当事人的陈述、提供的证据、劳动关系存续期间的实际情况等。
   • 如果劳动者能够提供充分的证据证明其与用人单位之间存在劳动关系，即使超过了仲裁时效，法院或仲裁机构也可能确认劳动关系的存在。

4. 对劳动者的建议：

   • 虽然超过时效不影响实体权利，但劳动者仍应及时行使权利，避免不必要的法律风险和成本。
   • 在发生劳动争议时，劳动者应尽快收集证据，了解相关法律法规，并在规定的时效内申请仲裁或提起诉讼。
   • 如果确实超过了时效，劳动者也不应轻易放弃，而是应咨询专业律师，了解具体情况下的法律救济途径和可能性。

总结来说，确认劳动关系争议超过时效并不影响实体权利的审判。时效制度主要是为了促使当事人及时行使权利，而实体权利的存在则基于事实和法律的规定。在处理此类争议时，法院或仲裁机构会综合考虑多种因素，并根据事实和法律进行裁决。因此，劳动者在遇到此类问题时，应及时咨询专业律师，了解自己的权利和可能的法律救济途径。